区行政审批局设12个内设机构：
（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电、信息、宣传、安全、机要、档案、信访、政务公开、行政后勤等工作；负责重要会议和活动的组织安排并督办落实；负责重要文件、综合性文稿起草和重大课题综合调研工作；负责机关财务管理、资产管理和内部审计工作。
（二）人事科。负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作；负责机关及所属事业单位人才队伍建设，指导所属事业单位的专业技术职务评聘工作；负责干部档案管理工作；负责机关及所属事业单位出国（境）人员审核报批工作；负责离退休干部工作；负责对进驻大厅人员进行综合绩效考核管理。
（三）政策法规科。起草政务服务管理有关政策措施；牵头负责规范性文件的制定并对实施情况进行监督检查；负责依法行政和法治建设工作；组织开展行政审批、公共资源交易执法检查，负责有关行政许可决定的审核，牵头组织行政许可决定撤销工作；承担听证、行政复议、行政应诉等工作；负责行政审批、公共资源交易管理法律法规的宣传、执法人员培训和管理工作；承担行政权力清单的编制和调整工作。
（四）行政审批制度改革科。负责研究提出全区“放管服”改革工作的政策措施，提出取消下放行政许可事项的意见；承担行政审批制度改革的组织协调工作，研究提出深化行政审批制度改革的措施及建议，对工作绩效进行检查评估；负责清理规范涉审中介服务、优化行政审批流程、推进“不见面审批（服务）”改革和“3550”改革工作，参与“证照分离”改革；承担区政府推进职能转变和“放管服”改革协调小组办公室、区行政审批制度改革工作领导小组办公室的日常工作。
（五）政务服务管理科。负责政务服务的综合协调、日常运行管理规范制定及业务指导工作，协助推进相关改革工作；负责政务服务体系建设，协调指导镇（区、园、街道）、村、社区政务服务工作；负责行政审批“三集中、三到位”工作的推进；对政务服务事项线上、线下运行进行指导、协调、监督、管理；指导协调审批业务的流程再造、联合办理、跟踪服务；参与对实施行政审批涉及的中介服务行为进行监督；负责政务服务业务数据统计分析工作；指导、协调全区政务服务代办帮办工作。
（六）市场准入科。负责全区各类市场主体登记注册工作；受委托办理药品经营许可，医疗器械经营许可、备案，从事包装装潢印刷品和其他印刷品经营许可（变更）审批；承担食品、特种设备、危险化学品、烟花爆竹、文化、旅游、粮食、医疗、卫生经营许可和限额以下外商投资企业审批等行政审批事项，并限时办结；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作。
（七）投资管理科。负责权限内的政府投资项目审批与企业投资项目核准、备案；负责权限内建设项目环境影响评价文件审批、固定资产投资项目节能评估和审查；做好综合咨询和预审服务推进工作；协同做好业务相关审批平台应用推进工作；负责对业务相关中介服务机构的管理考核；负责危险化学品生产经营单位安全生产经营事故应急救援预案的备案；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作。
（八）工程许可科。负责建筑工程施工许可、竣工验收备案；负责抗震设计文件审查、燃气工程初步设计文件审批；参与施工图联合审查的业务指导和工作考核；负责权限内防空地下室建设、地下空间开发利用兼顾人民防空要求以及人防工程平时使用、拆除报废改造等相关审批；受委托负责商品房预售许可工作。
（九）规划许可科。受委托负责建设项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程类规划许可证的核发和建设工程验线、用地地块规划条件和规划许可内容的核实等规划业务事项的沟通、协调及审批管理工作。
（十）公共资源交易监管科。负责拟订全区公共资源交易管理制度及相关交易活动规则；负责监督区级机关各部门、镇（区、园、街道）贯彻执行公共资源交易相关法律、法规、政策情况；负责全区工程建设交易活动的监督管理；负责处理工程建设交易中的投诉事宜，查处违法、违规问题；负责建立并管理公共资源交易综合评审专家库；负责对招标代理的日常管理考核；负责区级公共资源交易活动的统筹、协调工作以及与业务关联部门的衔接、沟通等工作；指导镇级公共资源交易工作。
（十一）信息科。负责全区一体化在线政务服务平台、“互联网+监管”平台的建设管理；负责拟订全区政务服务信息化建设发展规划、年度工作计划及实施方案；开展全区政务服务“一张网”建设工作技术指导、业务培训等工作；组织信息化项目的实施；协调区级相关部门对接政务服务信息化系统；指导各镇（区、园、街道）政务服务信息化工作。
（十二）督查科。负责区政务服务大厅日常运行秩序的监督管理；承担政务服务大厅服务投诉受理、调查和处置工作；承担审批服务群众满意度测评、群众意见建议反馈和测评结果运用工作；负责政务服务综合标准化建设工作的组织实施；负责编制、实施政务服务综合标准化建设工作的总体目标和计划；负责编制和完善政务服务综合标准体系，并对运行情况进行督查考核；负责开展相关标准的基础性研究和宣传推广工作。
机关党委。负责机关及所属事业单位的党群工作。