卫生直属机构及其职能
主要职能
（1）负责通州区及南通市全日制中等职业医药卫生人才的教育培养；
（2）负责全区及南通市在职医药卫生人员的学历提升教育；
（3）作为区卫生教育培训中心和区继续教育培训基地，承担全区卫技人员及其他各类人员的继续教育培训工作。
通州区卫生监督所
主要职能
（1）承担卫生行政许可、资格认证的申请受理、预防性卫生审查、现场卫生学审查，提出审核意见并上报；
（2）负责有关卫生许可与资格认证有关证书的发证、注册、核验等事务工作；
（3）依法对管理相对人进行经常性卫生监督；
（4）承担现场卫生监测、抽样检查等工作；
（5）实施对餐饮食品安全、饮用水卫生、公共场所卫生、学校卫生、放射防护、消毒杀虫产品的卫生监督；
（6）实施对医疗机构、采供血机构及卫生专业人员的执业许可与监督管理；实施母婴保健、传染病防治监督；
（7）对违反法律、法规的行为提出立案报告、进行调查取证、提出处罚建议，送达并执行决定；
（8）参与对危害公共卫生的污染、中毒、传染病疫情等卫生突发事件的调查处理、应急控制和救灾防病工作；
（9）受理有关投诉、举报并进行调查；
（10）开展法制和公共卫生知识宣教和咨询，负责培训卫生监督员，做好信息资料整理、汇总分析、评估报告；
（11）承担同级卫生行政部门和上级卫生监督机构交办的其他任务。
通州区疾病预防控制中心
主要职能
（1）研究并提出急慢性传染病、慢性非传染性疾病、地方病、寄生虫病、职业病等疾病的预防控制规划，制定疾病控制技术方案和对策措施的建议；
（2）负责疾病预防、监测与控制信息的采集整理、统计分析、综合评价及疫情报告；
（3）开展人群健康监测、疾病的流行病学调查，承担疾病预防、疫点控制、疫区消毒及控制效果评价；
（4）开展疾病控制相关技术的科学研究、培训、咨询和指导；
（5）开展保障人群健康的相关卫生监测、预防及研究，控制健康危害因素；
（6）开展公众的健康教育、健康促进和疾病预防指导活动；
（7）指导和参与社区卫生技术服务和初级卫生保健工作；
（8）通过卫生行政部门的考核认证，承担预防性健康检查工作及健康相关产品的卫生质量检验、公证，涉及公共卫生相关场所的卫生学评价；
（9）参与对传染病疫情、污染、中毒等卫生突发事件的调查处理、应急控制和救灾防病工作；
（10）承担同级卫生行政部门和上级疾病预防控制机构交办的其他任务。
通州区妇幼保健所
主要职能
（1）协助卫生行政部门制定本辖区妇幼卫生工作的相关政策、技术规范及各项规章制度；
（2）受行政部门委托对本辖区各级各类医疗保健机构开展的妇幼卫生服务进行检查、考核与评价；
（3）负责指导和开展本辖区的妇幼保健健康教育与健康促进工作；
（4）组织实施本辖区母婴保健技术培训，对基层医疗保健机构开展业务指导；
（5）负责本辖区妇幼卫生服务及技术管理等信息的收集、统计、分析、质量控制和汇总上报；
（6）开展青春期、婚前、孕产期、更年期、老年期等妇女保健服务；
（7）开展胎儿期、新生儿期、婴幼儿期、学龄（前）期等儿童保健服务；
（8）开展妇女儿童常见病诊治和计划生育技术服务等基本医疗服务。
通州区合管办
主要职责
（1）贯彻落实国家、省有关新农合政策，执行合管委决议、决定，负责新农合日常管理工作；
（2）协助开展宣传动员和筹资工作；
（3）严格执行新农合基金财务管理制度，编制基金预决算，确保基金安全有效；
（4）负责新农合统筹补偿方案测算、调整工作；
（5）按照标准审定、变更和考核定点医疗机构；
（6）监督、检查定点医疗机构执行合作医疗管理规章制度情况和通州人寿公司新农合基金结报补偿工作情况；
（7）定期向社会公示新农合基金收支和使用情况，主动接受社会监督；
（8）按规定汇总分析新农合运行信息、填写各种统计报表并及时上报；
（9）调查处理新农合工作中发生的案件及群众举报、投诉等，为参合人员提供咨询服务。
通州区医药卫生学会
主要职能
（1）承担区医学会日常事务管理工作
（2）组织学术交流，参加上级组织的优秀论文评选活动
（3）组织各学会的学术讲座、业务培训等。配合好上级学会在本区举办的各种学术讲座、学术年会等活动
（4）在区科协的领导下，组织好科普宣传、医学咨询、义诊等活动
（5）协助做好在职人员继续教育、定期考核和考核工作“三基”培训
（6）配合南通市医学会做好医疗事故鉴定委员会专家库的专家确定等相关工作。
通州区初级卫生保健委员会办公室
主要职能
（1）初级卫生保健规划实施
（2）村级医疗机构监督与管理
（3）乡村医生队伍管理