区商务局设下列内设机构：
（一）办公室（财务审计科、监管协调科）。负责机关日常运转，承担信息、宣传、安全、保密、信访、政务公开等工作；承担机关电子政务及网站管理工作。拟订商务发展规划及年度工作计划；牵头起草重要文件和综合性文稿；承担机关有关规范性文件的合法性审查工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；承担商务系统法制宣传教育的指导协调工作；研究提出与商务工作相关的财税、金融等政策建议；会同有关部门管理商务专项资金；负责机关财务、资产管理、内部审计、政府采购等工作；指导所属事业单位财务、资产管理工作；负责做好与区行政审批局的工作衔接工作；负责事中事后监管事项的牵头、汇总和评价工作。
（二）安全生产监管科。牵头拟订本部门、本行业落实安全生产责任制和相关法律法规的工作规划；指导本部门、本行业安全生产综合监管工作；组织开展本部门、本行业安全检查和专项检查；参与各类安全生产事故调查工作；综合协调本部门、本行业安全生产工作；按有关规定对成品油流通进行监督管理；推动汽车流通行业健康发展，按有关规定对新车销售、二手车流通和报废汽车回收拆解企业进行监督管理等。
（三）市场体系建设和流通业发展科。拟订全区内贸流通发展规划；落实引导各种资金投向商品市场体系建设的政策；指导城乡商业网点、商品交易市场（现货交易类）规划工作，促进社区商业和镇（区、园、街道）商贸中心发展，推进农村市场和农产品流通体系建设；承担区“菜篮子”工程协调领导小组办公室的日常工作；提出优化流通产业结构、深化流通体制改革和促进商贸中小企业发展的政策建议，推动连锁经营、商业特许经营、商贸物流配送等现代流通方式的发展；按有关规定对药品流通等特殊流通行业进行监督管理；支持中华老字号传承保护与创新发展，推动地方老字号建设；促进绿色流通发展，指导流通领域节能降耗工作；指导流通企业改革；推进流通标准化建设；指导再生资源回收管理工作；按有关规定对拍卖、租赁（除融资租赁）、旧货流通行业等进行监督管理；牵头承担商贸流通行业有关综合性工作；推动商务领域信用建设，指导商业信用销售，建立市场诚信公共服务平台；牵头组织规范零售企业促销行为；牵头推进重要产品追溯体系建设；负责内资直销管理相关工作；按规定负责单用途商业预付卡监督管理工作。
（四）市场运行和消费促进科。监测、分析市场运行和商品供求状况，进行市场预测、预警和信息发布，并提出相应的调控建议；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；按分工承担相关重要消费品储备管理和市场调控的有关工作；承担茧丝绸协调工作；承担商务领域消费促进工作，提出商务领域促进消费的工作措施和政策建议；承担商贸服务业（含餐饮业、住宿业）的行业管理工作。
（五）对外贸易管理科。拟订全区货物进出口发展规划和政策措施，推进以质取胜战略、市场多元化战略、科技兴贸战略；拟订外贸促进计划，组织、指导、协调外贸促进活动，推进外贸促进体系建设；指导、推进出口基地、出口品牌和国际营销网络建设；指导、推进跨境电子商务等外贸新业态新模式发展；负责货物进出口统计和运行分析；执行国家成套设备进出口政策；协调规范外贸经营秩序，推进进出口贸易标准化、便利化和外贸信用体系建设；承担进出口公平贸易相关工作，建立进出口公平贸易预警机制；组织协调我区企业应对贸易摩擦，配合做好应对反倾销、反补贴和保障措施调查应诉及其他与进出口公平贸易相关工作；指导贸易争端的诉讼工作；指导协调产业安全应对工作；执行国家进出口管制政策；协调我区在世界贸易组织框架下的应对工作；负责全区贸易政策合规工作；配合做好公平竞争审查工作；负责展会规划、促进与管理；推进商务金融合作机制建设，协调银行、外汇、出口信用保险等部门与商务工作有关的事项；配合做好口岸管理服务工作。
（六）服务贸易科（服务外包和电子商务科）。拟订全区服务贸易发展规划、政策措施并组织实施；承担服务贸易促进和服务贸易统计工作；承担服务外包统计和服务外包平台建设工作；负责展会规划、促进与管理；牵头服务贸易、服务外包境内外招商促进活动的组织工作；指导服务外包示范园区建设；承担技术进出口管理工作；研究提出推进全区电子商务发展的政策意见，会同有关部门拟订全区电子商务发展规划。
（七）外国投资管理科。指导协调和管理全区外商投资工作；落实外商投资政策，拟订改善外商投资环境、促进外商投资便利化的措施并组织实施；会同有关部门贯彻落实跨国公司总部和功能性机构鼓励政策；负责全区外商投资统计工作；牵头开展外商投资重大项目和重点企业跟踪服务，协调解决外商投资企业生产运行中的有关问题；开展全区外商投资纠纷投诉办理和调解工作；组织并实施对外商投资企业设立及变更备案的监督检查；牵头组织全区外商投资企业年度投资经营信息联合报告工作；承担区利用外资联席会议办公室的日常工作；按规定承担协调、指导、服务全区国家级、省级开发区工作，牵头拟订开发区建设、发展、改革的政策措施；承担全区开发区发展规划草案编制有关工作，指导全区开发区建设发展；研究开发区建设的重大问题，提出处理意见；承担与其他国家（地区）政府经济部门、各类投资促进机构的联系工作；承担全区海外经贸网络的建设与管理；负责与国内外知名企业建立沟通和联系。
（八）对外投资和经济合作科。负责贯彻执行国家、省、市有关对外投资和经济合作政策，拟订我区对外投资合作政策措施并组织实施；依法管理和监督对外投资（非金融类，含在港澳台地区投资）、对外承包工程、对外劳务合作、对外经济援助、接受国际援助等工作；负责对外承包工程、对外劳务合作项目审查和外派劳务人员招收备案初审工作；组织协调境外劳务纠纷和突发事件应急处置；负责推进对外投资和经济合作促进和服务保障体系建设；承担区对外劳务合作领导小组办公室的日常工作；管理指导区外派劳务服务中心工作；执行国家对香港、澳门特别行政区和台湾地区的经贸规划、政策；承担通州区与相关国家和地区合作机制的牵头和协调工作。
（九）投资促进科。制定全区双招双引活动计划并做好业务指导、活动总结，实施区级重大专题双招双引活动；落实省、市双招双引重点活动中交办的各项任务；汇总区四套班子领导外出双招双引及双招双引项目情况；汇总整理市、区两级重大双招双引项目进展情况；统一对外扎口提供区委常委会会议、区政府常务会议、双招双引例会、季度点评会、区领导调研会议等各类数据、综合分析、点评、汇报等材料；建立全区双招双引项目信息情报库，对在谈项目信息进行搜集、研判、审核，及时筛选优质项目信息、调整无效项目和流失项目信息。
（十）考核管理科。负责制定全区双招双引年度目标任务及考核办法；对签约项目、注册项目、“飞地”等项目进行审核，与区发改委确认各单位项目开工情况；负责全区云平台双招双引人员信息的增减变更维护工作；负责全区专职双招双引人员外出日常考勤管理工作；按“月度、季度、年度”分类对镇（区、园、街道）、区直部门的考核评比工作；承担市级对全区双招双引考核工作；负责对市重大项目信息报送系统、区双招双引云平台的日常管理工作，对项目库数据实时更新维护。负责专职招商人员的培训工作。
机关党委（人事科）负责机关及所属事业单位的党群工作；承担机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训等工作；指导商务系统人才队伍建设；负责离退休干部工作；按上级有关规定承担相应纪检（监察）工作。