区市场监督管理局设1个直属行政机构和14个派出机构。
（一）直属行政机构
设立区市场监督管理指挥中心，为副科级。
拟订并组织实施全系统市场监管综合执法及稽查办案的制度措施；组织、指导查处除反垄断案件之外的市场主体准入、生产、经营、交易中的违法行为；组织查处和督办大案要案，协调跨区域案件查处工作；负责全系统市场监管综合执法工作的业务指导；组织、指导和监督消费维权、质量监督、食品药品、知识产权、价格投诉举报及咨询的受理、转办、处理和来访接待等工作；组织协调市场监督管理方面事故的应急处置和调查处理工作；组织市场监督管理舆情监测、分析和协调处置工作；负责市场监督管理系统网络安全、数据应用及信息化建设工作；负责远程视频平台监控，运用智能化、信息化手段及时发现异常情况和违法行为，并按规定程序处理和督查；负责惠民信息发布，及时将检验检测信息、质量公告、社会热点、舆情民意、消费预警等，通过多媒体可视终端进行推送；组织协调与公安、城管、农业农村、卫生健康等多部门联合专项整治工作。设综合科、投诉举报管理科、信息协调科、稽查科4个内设机构，均为正股级。
办公地址：南通市通州区新金西路80号
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86518798
负责人：施羽佳
（二）派出机构
设南通高新区、金沙、二甲、十总、石港、刘桥、平潮、兴仁、川姜、东社、西亭、五接、先锋、兴东14个分局，其中高新区分局为正科级，其余均为副科级。
负责宣传贯彻国家和省、市、区市场监管工作法律法规；承担辖区内食品生产、加工、流通及餐饮服务、药品、医疗器械、化妆品的监督管理和特种设备安全监察工作；承担辖区内网络商品交易及有关服务行为的监督管理工作；承担辖区内价格监督检查工作；承担辖区内打击侵犯知识产权和假冒伪劣商品等工作；开展网络监管企业信用建设，建立重点企业质量安全信息档案，做好各类市场主体信息公示工作；依法依规开展市场监管执法稽查，查处市场主体准入、生产、经营、交易、使用等环节有关违法行为；负责投诉举报的核查处置及消费者权益保护工作，承担案件查办工作；协助局有关科室、检验机构做好产品质量监督抽查、计量器具检定及后续处理工作；管理辖区内的商品交易市场，规范市场计量行为，查处市场内违法经营行为；对辖区内广告活动进行监督，实施合同行政监督管理，对经纪人活动进行监管，查处合同违法行为；承办区局交办的其他工作，配合所在镇（区、园、街道）做好相关的其他工作。
市场监督管理局各分局均设综合股、监管股、行政服务股、稽查股4个内设机构，均为正股级。
南通高新区分局：
办公地址：南通市通州区创业大厦6层
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86100186
负责人：邱一真
金沙分局：
办公地址：南通市通州区通掘路
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-80238207
负责人：邱毅
二甲分局：
办公地址：南通市通州区二甲镇府东路1号
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-82541347
负责人：任小平
十总分局：
办公地址：南通市通州区原骑岸人民政府斜对面
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-82566006
负责人：陈卫明
石港分局：
办公地址：南通市通州区米市桥南路与盐仓路交叉口东南40米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-82591156
负责人：蔡忠华
刘桥分局：
办公地址：南通市通州区富民路与凤仙路交叉口西南100米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86581660
负责人：范谦
平潮分局：
办公地址：南通市通州区平潮镇栖枫西路15号
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86721315
负责人：赵小兵
兴仁分局：
办公地址：南通市通州区新地东路与新地北路交叉口100米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86561549
负责人：陆莹
川姜分局：
办公地址：南通市通州区镇中路与苏通公路交叉口动180米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86340611
负责人：仇鸣华
东社分局：
办公地址：南通市通州区小康路与金三线交叉口东北40米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-82547800
负责人：姜旋
西亭分局：
办公地址：南通市通州区盛庭花苑南门东50米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86539086
负责人：陈伟
五接分局：
办公地址：南通市通州区五接镇瑞诚路10号
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86100060
负责人：邱卫国
先锋分局：
办公地址：南通市通州区先锋镇润锋花苑27幢东头
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86675556
负责人：成辉
兴东分局：
办公地址：南通市通州区兴富路与兴亭路交叉口西60米
办公时间：9:00——12:00,13:30——17:30
联系方式：0513-86221019
负责人：顾春龙