1992年，三余镇人均地区生产总值1930元；2008年为1.54万元，是1992年的7.99倍，年均增长13.9%。1999年，工农业总产值4.87亿元，是1992年的6.78倍，年均增长31.4%；2006年为48.17亿元，是2000年的5.05倍，年均增长31%；2008年为82.14亿元，比2007年增长16.4%。

三余是全国著名重点产棉区，20世纪50年代，在国务院总理周恩来安排下，将从美国引进的岱字棉15号良种大部分放在三余繁殖育种，然后向全国推广。1993年，耕地面积4.42万亩，总产粮食大豆5121吨、棉花1346吨、油料作物1063吨。实现农林牧渔业总产植2647万元、第一产业增加值2059万元。1996—1998年开发蓝狐、扣蟹、水狸獭养殖等农业新项目。1999年引进美国兰湖刀豆、落地皇鸽、藏獒犬等10多个种植、养殖项目，并拍摄成《三余农业产业化集锦》专题片在各村放映。2000年区划调整后，耕地面积增至8.09万亩。当年总产粮食大豆2.15万吨、棉花1593吨、油料作物5668吨。实现农林牧渔业总产值2.03亿元、第一产业增加值1.15亿元。2001—2002年重点抓好良种羊养殖基地（被农业部定为秸秆养羊示范基地）、海防村扣蟹养殖基地（被省农业厅等定为中华绒螯蟹苗种产业化开发示范基地）、苗木基地和“双低”油菜示范基地建设。苴东、新福村建成国家级“双低”油菜基地。红专果业生产合作社被评为省农民专业合作经济组织示范单位。2004年建成特种瓜果等8个特色基地和9个农民专业合作社、农产品产销协会。2006年8月成立镇北村集体资产（土地）股份合作社。2007年区划调整后，耕地面积为17.17万亩，当年实现农林牧渔业总产值3.83亿元。2008年，全镇种植粮食大豆12.46万亩、总产3.33万吨，棉花8.36万亩、总产7072吨，油料作物7.25万亩、总产1.34万吨。生猪、羊、家禽饲养量分别为5.64万头、16.99万只、344.5万羽，水产品产量4853吨。拥有农机总动力2.88万千瓦。实现农林牧渔业总产值5.01亿元、第一产业增加值3.04亿元。全镇海洋滩涂总收入2230余万元。2009年2月创办集养殖、加工、销售于一体的南通大有晋羊业发展有限公司。

该镇工业主要有纺织、轻工、化工、电子、机械、冶金、建材等10多个门类，主要产品有人造毛皮机、纺织机械、油泵油嘴、平板硫化机、汽车配件等100多种。1993年有镇村办工厂50余个、职工2450人。实现工业总产值6709万元、第二产业增加值2913万元。1996年，南通市第四纺织机械厂开发的TSGE61型毛条哺入式人造毛皮机、TSGE81型割圈绒针织机通过省级新产品鉴定，达到国内同行业先进水平。1997—1998年建立民营工业园区，利信集团生产的家具获中国家具博览会“金牛奖”。2000年区划调整后，全镇有各类工业企业300多个、职工3170多人。当年实现工业总产值7.51亿元、利税443万元，第二产业增加值1.89亿元（其中工业1.69亿元）。2003年，四方集团61型人造毛皮机“四方”牌商标被评为省著名商标。2008年，求精机械有限公司研发的DF-5型全移动电脑绗缝机获得国家专利证书。全镇有工业企业313个、职工1.08万人，工业投入6.33亿元，完成技改项目68个，实现工业总产值77.13亿元、销售收入76.37亿元、利税6.06亿元，第二产业增加值7.8亿元（其中工业6.75亿元）。

1993年，全镇有国营商业企业4个、集体商业企业和个体商店388个、从业人员1129人；实现第三产业增加值2102万元，外贸供货额1484万元。1996年建东方红招商城、小商品市场、水果市场，从业人员增至2374人。三余集贸市场被省工商局评为文明市场。1997—1998年，利信集团公司、三余供销社先后办起3个超市，金三余工业品批发市场投入营运。1999年成立通州市首家农副产品营销协会。2002年建成东方瓜菜批发市场。2005年，3名企业家投资建成一座集娱乐、餐饮、休闲于一体的润通大酒店。2007年，一位女大学生创建金三余·生活广场，由超市大卖场、建材家具馆、家电及百货区三大交易板块构成，形成商业集群市场效应。2008年，全镇从事第三产业单位275个，从业人员3637人，有商业零售网点2998个。实现第三产业增加值8.11亿元，其中，交通运输1.08亿元、批发零售1.93亿元、住宿餐饮2134万元、商务居民1.62亿元、房地产业1.47亿元、其他服务业1.8亿元。