三余镇位于通州市东部，东临黄海、南接海门市、北毗如东县，总面积185.47平方公里，有海岸线16.27公里，滩涂1.1万公顷。西至通州市区直线距离21公里。境内有三余竖河、新闸竖河纵贯南北，团结河和四丈头河横穿东西；掘青公路、海防公路、金三公路、三汤公路、平海公路、骑北公路穿境而过。

1993年，三余镇辖23个行政村、2个居委会。2000年4月与忠义乡合并设立新的三余镇，辖43个行政村、2个居委会。2001年合并调整为20个行政村、2个居委会。2007年2月，三余、北兴桥、海晏三镇合并，再次设立新的三余镇。原三余镇新桥、河东、苴西、苴北、苴东、新福、东平7个村和五甲苴社区划归东社镇。调整后三余镇辖41个行政村、5个社区。2008年再次合并调整为26个行政村（一社、贡安、红专、广运、大乐、新民、德兴、同盟、育新、海丰、闸北、东海、海晏、建新、东余、东晋、永平、海防、中闸、新闸、恒兴、胜利、安平、新华、光明、合兴）和5个社区（中心、镇北、海晏、北兴桥、三门闸）。年末，全镇有12.41万人，其中，土、苗、侗、壮族等17个少数民族141人。

1999年，三余镇被定为省重点镇。2001年9月，为纪念解放战争时期中国人民解放军华中野战军三纵队三次攻打三余国民党军取得三次胜利，在三余烈士陵园建“三余三战三捷纪念碑”。2005年起，修复中国近代教育家、佛学家江谦三余耕读处故居，建江谦纪念碑和遗物陈列室。2008年，镇建成区内人民路等3条街道为沥青路面，菜市街等12条街道建成水泥路面，并全部安装路灯，道路两侧绿树成荫。镇政府位于人民路88号。镇区有集贸市场、百货商厦、联谊商城、东方商城、金三余·生活广场等，有医药楼、税务楼、金盾楼、邮电大厦、第五人民医院门诊楼、供电楼等。四方机械集团有限公司、南通星维油泵油嘴有限公司、南通舜业制衣有限公司、南通冠通油脂公司4个亿元企业和三余中学、三余小学均坐落在镇区。镇区绿化率32%。