1992年末，南通县设17个镇、32个乡。经2000年、2001年、2007年、2008年4次行政区划调整，全市设建制镇19个。

1993年起，各乡镇按市委、市政府统一部署，继续实行土地联产承包责任制，调整农业结构，改革企业产权制度，建设民营经济园区、工业园区，大力发展非公有制经济，加强农业特色经济建设，全面启动社会主义新农村建设，经济社会呈快速发展态势。2008年，人均地区生产总值（当年价，下同）与1992年相比，增长6.4～27.2倍。9个镇地区生产总值超3亿元，其中，兴东、川姜二镇超6亿元，11个镇农林牧渔业总产值超亿元，6个镇工业总产值超百亿元，8个镇财政收入超亿元。

截至2009年6月，全市19个建制镇中，8个镇成为全国小城镇综合发展水平1000强镇，金沙、平潮、川姜3镇进入中国乡镇综合实力500强，2个镇成为全国重点镇。2个镇建成省新型示范小城镇，7个镇被评为省卫生镇，其中二甲镇为国家卫生镇；5个镇建成省文明镇，其中石港镇为全国文明镇；14个镇被评为省群众文化先进镇，8个镇被评为省科技工作先进镇，5个镇成为省实施教育现代化工程先进镇，6个镇成为省初级卫生保健合格镇，15个镇成为省体育先进镇，12个镇建成省体育强镇。