通州历史上佛教寺庙较多，信徒众多，香火旺盛。“文化大革命”对宗教破坏严重，众多僧尼被迫还俗，几乎所有的寺庙被拆或改作他用。20世纪90年代起落实宗教政策，宗教活动场所和合法宗教活动得到保护，设立和恢复一批宗教活动场所。至2009年6月，市内有佛教活动场所15处，僧61人，尼8人，信众上万人。

僧人平时每天早晚上殿诵经礼佛，每年适当之时自行念佛修持，打佛七。寺庙为信徒诵经、拜忏、立牌位、写文牒、放生、讲经、举行三皈依仪式，做各种佛事乃至水陆道场。每逢诸佛菩萨诞辰和纪念日，分别为释迦牟尼、阿弥陀、药师和弥勒等佛以及观世音、大势至、文殊、普贤和地藏王菩萨等举行法会。农历每月初一和十五两天亦是佛教香期。农历除夕日深夜12点，信徒随108下钟声，送旧迎新，祈愿国泰民安，新年如意，万事吉祥。

香光莲寺  位于通州市二甲镇东北隅，原名香光莲社，创建于民国22年（1933年），旧址在二甲镇团结街。原庙坐北朝南，四合院建筑，最初为地方信士草创。寺庙建成后，又修法师为首任住持，又真法师继任衣钵。时任江苏省教育厅厅长、通州师范学校校长的近代著名佛教居士江易园（又名江谦），应僧众之请来此讲经，“香光莲社”即为江居士所题。又真法师因寺庙已由僧人管理，遂易名为“香光莲寺”。

1958年寺庙改建为地方医院，余留佛像在“文化大革命”中俱遭毁坏。1987年6月易地重建（时称念佛堂）。1991年恢复旧称香光莲寺。住持觉正。

该寺占地2.3公顷，建筑格局按佛教传统的中轴线结构，从南至北依次为九龙壁、山门殿、天王殿、大雄宝殿、玉佛殿，最后是供奉“西方三圣”（阿弥陀佛、观世音、大势至）的后殿。位于山门殿、天王殿左右两侧的对称建筑为钟、鼓二楼。

重建后的香光莲寺备受各界呵护。全国政协原副主席、中国佛教协会会长赵朴初不但为“大雄宝殿”寄赠题字，还应寺院之请，题书“香光莲寺”相赠。2007年，香光莲寺景区被评为国家AA级旅游景区。

南山寺  始建于明朝，清乾隆年间重修。改革开放后为落实宗教政策，1988年开放金沙头总念佛堂，1991年升格为南山寺。1992年经通州市民族宗教事务局批准，将人民东路朝阳路口老南山寺（参见第二十八篇第一章第六节《文化遗存》）作为南山寺下院对外开放。2002年9月，经南通市民族宗教事务局和通州市人民政府同意易地扩建南山寺，选址通州经济开发区盆架桥村3组，2006年3月奠基，2007年春节对外开放，住持耀来。南山寺规划用地3.3公顷，工程预算4500万元。整体建筑按照明清风格丛林式设计，分三条轴线，中轴线设计建造牌坊、天王殿、放生池、大雄宝殿和万佛殿。东轴线设计建造多宝财神殿、通州塔、观音殿、药师殿和方丈楼。西轴线设计建造帝释殿、地藏殿、极乐水院、极乐楼和藏经楼。至2009年6月，建成天王殿、放生池、大雄宝殿、观音殿、钟楼、鼓楼、通州塔等。

太平寺  1992年5月设立观音山镇太平寺念佛堂，2000年升格为太平寺。住持文定。2001年行政区划调整，太平寺划归南通市崇川区管理。

禹稷寺  始建于民国14年（1925年），1993年4月恢复设立通州市三余镇禹稷念佛堂，同年7月三余镇房地产管理所将原接管的禹稷念佛堂房屋所有权交还三余镇政府，禹稷念佛堂取得大小11间砖木平房，建筑面积计277.4平方米。9月，买下镇北卫生院位于禹稷念佛堂门前全部房屋（大小平房7.5间）。2000年更名为禹稷庙。2006年9月，在三余镇西北，中国近代知名教育家、佛教先贤江易园（江谦）故居移地扩建禹稷寺，同时保留“江谦耕读处”（文物保护单位）。2007年初开始建设，2008年3月举行大雄宝殿落成庆典。监院光平。

白衣庵  1993年设立正场白衣庵，尼众道场，住持宗道，占地0.16公顷，建筑面积800平方米，为坐北朝南的四合院。2004年6月，法人变更为戒恒。

广慧寺  1994年4月，设立通州市石港镇广慧念佛堂，占地0.8公顷，2000年4月更名为广慧寺。寺内有九龙壁、天王殿、钟鼓楼、大雄宝殿、藏经楼等，建筑面积1200平方米。负责人海泉。

其他寺庙（活动点）  1995年10月，设立通州市金余西社庙、唐洪佛事活动点。2007年，唐洪佛事活动点更名为唐洪灵兴寺。

2002年9月，增设通州市金沙贞洁院、平潮观音庵、横港佛教活动点、五接佛教活动点、新联佛教活动点、东社佛教活动点。2005年12月，增设五接开沙岛佛教活动场所。2005年，横港佛教活动点更名为兴仁普昭寺，2006年10月建成大雄宝殿，监院月贤。

20世纪30年代初，县内较具规模的道观神庙有石港的佑圣观（玉皇殿）、关岳庙、张睢阳祠（都天庙），进鲜港南的排河观，四安镇的太阳殿，平潮镇的通明宫等，全县道教信众近万人。日军入侵南通后，多数道观被严重破坏。

平潮通明宫始建于明末，清朝时期时废时兴，屡经修建，至民国初年达到鼎盛，规模空前，建有玉皇殿、文昌楼、华佗殿、魁星楼及藏经室，藏有大量经典及名人诗画，远近闻名，是平潮十景之一。新中国成立后依然香火旺盛，“文化大革命”期间，通明宫楼阁被拆，神像、经典被毁，住庙道士被迫改行，留存房屋改作厂房。改革开放后，落实党的宗教政策，1995年在原址设立平潮道教活动点，仅存老庙房6间60多平方米。2003年5月，正式登记为通州市平潮通明宫，负责人吴继书。2006年，迁址平潮镇老墩村易地重建，占地0.33公顷，建筑面积480平方米。

基督教于清末民初传入南通，改革开放后，陆续由南通市区扩大至金沙、小海、张芝山、二甲、三余等地。至2009年6月，市内有基督教堂2处，基督教活动点5处，信众3500余人。

基督教信众星期日主日礼拜、主日学、音乐崇拜。周间举行祈祷会、查经聚会、读经班、圣诗咏唱会。每年12月25日圣诞节，以圣诞大礼拜和圣诞音乐烛光崇拜为主。复活节通常举行晨曦礼拜，大礼拜和音乐崇拜等。

小海基督教活动点  1987年5月，设立小海基督教活动点，租用通海房管所公房300平方米作为活动场所。2000年6月，在小海镇小海村14组新建教堂，占地669平方米，建筑面积300平方米。负责人张震康。2001年行政区划调整，小海基督教活动点划归南通市经济开发区管理。

圣光堂  1994年6月，设立张芝山基督教活动点。2000年10月，征用张芝山镇决心村15组土地1200平方米，自筹资金40万元新建教堂，2001年底竣工。2002年8月，更名为通州市基督教圣光堂。2003年3月，基督教圣光堂举行开堂庆典。负责人黄伟邦。2005年4月，黄伟邦被南通市基督教两会（爱国会、协会）按立为长老。

金沙基督教堂  1995年9月，设立金沙基督教活动点。1998年4月选址于金沙镇虹西村23组，征地0.33公顷，自筹资金12万元建金沙基督教堂。2001年5月1日举行开堂典礼。负责人石韶兰。

1994年设立三余基督教活动点，1995年设立二甲基督教活动点，2002年9月，设立姜灶基督教活动点、先锋基督教活动点、袁灶基督教活动点。

天主教是基督教中的新派，于民国初年传入南通。新中国成立前，南通县境内共有传教司铎数十人，传教士百余人，信众500人左右。日军入侵后，天主教活动沉寂，1949年后渐有发展。1992年8月，张芝山设立天主教临时活动点。1994年11月，二窎设立天主教临时活动点，三余、通海、十总地区天主教信众有530多人。张芝山天主教临时活动点、二窎天主教临时活动点建立民主管理小组，市成立天主教爱国会筹备组。1999年起，张芝山天主教活动点、二窎天主教活动点分别归南通狼山天主堂、如东兵房天主堂登记年检、代为管理。

佛教协会  1987年6月，成立南通县佛教协会，地点在金沙镇人民东路南山寺。1994年11月，召开通州市佛教协会第二届代表大会，选举产生新一届佛教协会理事会，会长觉正，副会长光升、文定、新吾，秘书长杨行华。1995年，通州市佛教协会由一般社会团体变更为法人社会团体，法人觉正。1998年12月，召开佛教协会第三届代表大会，26名僧人及居士代表参会，通过“通州市佛教协会章程”，会议选举产生新一届佛教协会理事会，会长觉正，副会长觉非、光升、文定，秘书长文定（兼），常务理事11人，理事34人。2000年5月，佛教协会搬迁至二甲香光莲寺。2004年12月，在香光莲寺召开市佛教协会第四届代表大会，佛教界66名代表参会，选举产生第四届佛教协会理事会，会长觉正，名誉会长光慧，副会长文定、中人、光升、光平、海泉，秘书长陈海龙，理事28人。

道教协会  2003年4月，成立通州市道教协会，副会长吴继书。

基督教三自爱国运动委员会  1996年11月，组建通州市基督教三自爱国运动委员会筹备组，组长张震康，副组长石韶兰、黄伟邦。2002年5月，成立通州市基督教三自爱国运动委员会，召开第一届代表大会，44名代表出席会议，通过《通州市基督教三自爱国运动委员会章程》，选举产生主席黄伟邦，副主席石韶兰，秘书长陆亚珍，理事13名。2008年，黄伟邦当选为南通市基督教三自爱国会副主席。通州市基督教三自爱国运动委员会引导各堂点坚持每两月一次时事、政策、法制的例会学习，举办宗教政策、法律等专题讲座和社会主义荣辱观教育，举办多层次的进修会、培训班，坚持“三自”再教育。选送小海基督教会许春秀（女）报考金陵神学院，金沙基督教会王峰（男）报考省圣经专科学校。组织信徒参观访问及与兄弟市“三自”组织互访交流，教育信众分清异端邪教组织，引领信众走爱国爱教社会主义道路。

组织管理  1993年后，市民族宗教事务部门注意与各方面协调，加强宗教场所的基础设施建设，修缮和新建部分宗教活动场所，帮助宗教活动场所建立和完善教务、财务、人事、安全消防、卫生、档案等制度，保障信教群众在宗教活动场所过正常宗教生活。1998年，香光莲寺被评为南通市宗教界为两个文明建设服务先进集体，住持觉正被评为先进个人。2004—2005年，香光莲寺、白衣庵、新联佛教活动点获南通市模范宗教活动场所称号。2006—2007年，香光莲寺、南山寺、三圣寺、圣光堂获南通市模范、文明宗教活动场所称号。2008年，香光莲寺被评为江苏省模范宗教活动场所。2008—2009年，香光莲寺、南山寺、圣光堂获南通市模范宗教活动场所称号；普缘寺、禹稷寺、普昭寺等6处宗教活动场所获南通市文明宗教活动场所称号，觉正、黄伟邦、耀来等屡获南通市创建先进个人荣誉称号。

例会学习  各宗教活动场所经常举办宗教政策、法律等专题讲座，进行社会主义荣辱观和爱国主义教育，组织各场所负责人外出学习、考察，增强现代化管理理念。选送年轻教职人员外出培训、受戒、按立，培养青年教职人才。至2009年6月，通州宗教界共推荐南通、通州政协委员5名，常委2名，青联委员3名，推荐6人参加南京大学、南通大学教职人员大专班，3人去省圣经学校学习，申报3名圣职（已按立2名），培养、引进和起用一批中青年教职人员，10多处宗教活动场所更换中青年负责人，宗教界呈现出生机与活力。

公益慈善  各场所每年都结对帮扶少数民族贫困户、慰问孤寡老人、敬老院；为灾区献爱心、捐款；动员信教群众参与和服务于经济建设，创办民营企业和个体工商户。1998年，各宗教场所向遭受特大洪灾地区捐衣物9663件，捐款3.78万元。香光莲寺主持觉正向二甲敬老院捐赠2万元，向市慈善协会捐赠1万元。2005年，香光莲寺向太平洋海啸受灾国捐款3万元。2008年“5·12”汶川大地震，市宗教界向灾区捐款30余万元。

专项治理  2003年6月，市内开展农村宗教领域“三乱”（乱建小庙、私设聚会点、假僧假道乱做佛事道场）治理工作，治理、劝散假僧假道队伍126支，取缔私建小庙23个，批准临时佛法事活动点48个。2005年7—9月，宗教、统战、综治、公安、政法、城建、土管等部门联合整治宗教“三乱”，帮助解决疑难问题30多个，拆除私建小庙100余处，私建小庙房屋改作他用148处，清理塑像50多尊，法器100余件，制止非法宗教活动6起，农村宗教领域“三乱”现象得到有效遏制。