20世纪90年代以后，迁入通州的少数民族人口明显增加，至2009年6月，全市少数民族户籍人口增至36个民族1921人（含未识别民族2个6人），散居在19个镇和市经济开发区，占总人口的0.12％（仍有部分婚嫁至通的少数民族户籍未迁入）。全市认真落实党的民族政策，保障少数民族平等权利，尊重少数民族风俗习惯，鼓励和支持他们发展经济，脱贫致富。进一步贯彻落实宗教政策，相继成立通州市佛教协会、通州市基督教三自（自治、自传、自养）爱国运动委员会、通州市道教协会和天主教爱国会筹备组，建立市领导与民族宗教界代表人士挂钩联系制度，引导宗教界人士开展爱国爱教活动。根据信教群众的要求和合理布局，先后恢复和设立一批宗教活动场所。至2009年6月，全市设立佛教活动场所15处，道教活动场所1处，基督教活动场所7处，天主教活动场所2处（由南通狼山、如东兵房天主堂代管），教职人员82人，信教群众10万多人。