1992年8月，县政府出台《南通县企业职工工伤保险试行办法》及实施细则，县级以上全民所有制企业、县属大集体企业、城镇集体企业（县属原五大市镇所属的企业）、中外合资（合作）企业的中方职工、企业化管理的事业单位以及境内的部、省、市属企业实行企业职工工伤保险制度。1995年4月，市政府出台《通州市企业职工工伤保险试行办法》，对原《南通县企业职工工伤保险试行办法》进行修改。2000年3月，市政府办转发《南通市城镇职工工伤保险办法》，工伤保险实行同一费率（0.7%）。

2004年1月，国务院颁布的《工伤保险条例》实施。3月，市劳保局、财政局、地税局、卫生局、安监局5部门联合发出《关于贯彻〈工伤保险条例〉有关问题的通知》，工伤保险费率根据不同行业的工伤风险程度划分为3个类别，分别实行3种不同的工伤保险缴费率，基准费率分别为用人单位职工工资总额的0.5%、1%和2%。同月，市政府办印发《关于失业、工伤、生育保险合并征缴的通知》，明确失业、工伤、生育保险费由地税部门统一同步征收。

2005年，市劳动和社会保障部门根据国家劳动和社会保障部《关于农民工参加工伤保险有关问题的通知》精神，针对建筑安装企业较多、流动性大、招用农民工多的特点，与有关部门协商配合，把建筑企业的“龙头”南通四建、通州四建作为推进农民工工伤保险突破口。全年建筑安装等行业有8000多名农民工参加工伤保险。至2009年6月，农民工参加工伤保险3.21万人。

2007年7月，全市机关、事业单位在编在册工作人员，机关、事业单位中经劳动、人事部门批准使用并参加养老社会保险的非在编人员和实行人事代理的非在编职工列入工伤保险范围。统筹费率暂按缴费工资基数的0.3％确定，由用人单位缴纳，个人不缴费。发生工伤的，市人事局会同市劳动和社会保障局按规定受理；工伤人员申请劳动能力鉴定，由市劳动能力鉴定委员会办公室（设在市劳动和社会保障局）受理并组织鉴定。经工伤认定和劳动能力鉴定后，按规定享受工伤医疗、伤残补助、伤残津贴、生活护理及工亡补助、丧葬费、抚恤金等工伤保险待遇。至2009年6月，全市参加工伤保险9.60万人，累计征缴工伤保险费643万元，工伤保险总支出459万元。