1993年初，经市民政局登记注册的体育社团有气功科学研究会等5个。此后，对体育社团进行整顿，保留老年人体协、信鸽协会、钓鱼协会、农民体协。1995年4月成立市体育总会。1996年6月成立市棋类协会，上海棋院院长、中国象棋国际特级大师胡荣华和南通市棋类协会秘书长、象棋国际裁判季本涵应聘担任协会名誉顾问。1997年6月成立市武术协会。进入20世纪，陆续成立10多个体育协会。至2009年6月，全市有在民政部门注册的体育社会团体18个，按注册登记时间前后排列：农民体育协会、信鸽协会、钓鱼协会、老年人体育协会、体育总会、棋类协会、武术协会、乒乓球协会、国际标准舞协会、企业家网球协会、篮球协会、足球协会、太极拳协会、桥牌协会、健美协会、羽毛球协会、门球协会、体育舞蹈协会。