1993年起，各乡镇相继成立体育运动领导小组、全民健身领导小组、成年人体质测定站等组织。同时，发展社会体育指导员，至2009年6月，全市拥有社会体育指导员1458人，其中，国家级3人（顾萍、王红珍、张采勤）、一级13人、二级66人。2003年，张采勤被评为全国优秀社会体育指导员。

1998年建立全民健身指导站8个。2000年建成国家级全民健康工程1个（横港文化站）、省级全民健身工程点3个，在南通市各县（市）中位居前列。至2005年，共投资50多万元建成全民健身工程（点）（内安装成人和儿童体育健身器械）42个，其中国家级1个、省级27个。

2006—2007年，在全市镇、村实施农民体育健身工程，实现“村村有体育健身场地（设有篮球场、乒乓球室）、镇镇有体育健身中心（设有乒乓球室、棋牌室、健身房、室外健身路径、门球场、羽毛球场）”。至2009年6月，全市有晨（晚）练点535个，各镇均建有全民健身指导站。随着参与健身人群增多，民间自发组织的各类体育社会团体逐渐增多，至2009年6月，有社会体育团体18个，初步形成以镇为基础、社会团体为龙头、社会体育指导员为骨干、广大人民群众为主体的群众体育组织网络。