1993年后，全市中小学继续实施《国家体育锻炼标准》，1993—1996年达标率93.4%～96.6%，优秀率18.3%。1996年，通州市中学被评为省达标工作先进集体；6月，省体委、教委对通州市达标工作施行质量随机抽测，5所中小学均达到标准要求。1997—2002年达标率97.4%～98.5%，优秀率20.5%～25.5%。2003年试行《学生体质健康标准》，2004年全面推行，至2005年实施面达到100%。2007年，全面推进《国家学生体质健康标准》，各中小学积极实施。此后，每年12月均向教育部指定的《国家学生体质健康标准数据库》上报数据。

1993—1999年，幼儿体育活动主要以学会基本动作、基本体操和传统体育游戏为主。2000年起，小班幼儿开展模仿动物、人物或其他形象动作，如“小鸟飞”“大象走”“绕线线”等活动；大中班幼儿开展“小小飞行员”“小青蛙跳田埂”、徒手操、红旗操表演等活动。

1993年起，全市中小学体育活动渐趋制度化、正常化。2004年，中、小学每周体育课安排为：小学一二年级4节，三至六年级和初中部3节，高中部2节；同时，每天分别做早操或课间操1次，眼保健操2次。2007年4月，各中小学根据省教育厅《关于认真组织开展学生阳光体育运动的紧急通知》要求，统一举行阳光体育运动启动仪式。2008年，各中小学均制订“保证学生每天有一小时”体育锻炼计划，是年，全市约有10万名中小学生参加第二届全国亿万学生阳光体育冬季长跑活动。

1993年、1999年，全市先后推广国家体育总局颁布的全国中小学第七套、第八套广播体操，组织中小学和幼儿园系列广播操评比活动，在南通市组织的比赛中，平潮中学、小海中学、实验小学分别获各组一等奖，通州幼儿园获二等奖。2001年举办全国中小学幼儿系列广播体操（第二套）比赛，预决赛持续2个月，15万学生参加，30所学校进入决赛。平潮中学、实验小学分别获特等奖，刘桥中学、新联中学、张芝山小学分别获完中组、中心初中组、小学组一等奖第一名。2005年，全市开展幼儿广播操评比，2500名幼儿参加。2007年推广国家教育部颁布的全国中小学第三套广播体操。

1993年起，各中小学每年均举行校运动会；全市每年举行中、小学运动会各1次，小型比赛5～8次，并开展踢毽、跳绳、冬季长跑三项运动会；2000年组队参加南通市中小学生冬季三项比赛，得奖牌9枚。1998年—2009年6月，三余中学、川港中学、姜灶中学、十总小学、石港小学、先锋初中、金沙中学先后被评为省冬季锻炼先进学校、省“冬季三项”百日锻炼活动先进集体。