1993年，市卫生局药政科根据《中华人民共和国药品管理法》《中华人民共和国药品管理法实施条例》和卫生部制定的《医疗机构麻醉药品、第一类精神药品管理规定（试行）》等法规，对药品质量进行监督管理，对药品生产、经营和使用单位进行药品质量检查，并对检查中发现有伪劣药品的单位予以严肃处理，确保人民群众用药安全。

1997年，开始试行乡（镇）卫生院对村卫生室实行药品目标责任制管理，乡（镇）卫生院院长与各乡村医生签订目标管理责任书，以确保进货渠道正当，药品质量有保证，用药安全有效。市卫生局与各级医疗单位签订麻醉药品、精神药品目标管理责任书，落实责任制，进一步强化麻醉药品、精神药品管理，同时推行癌症病人止痛“三阶梯”疗法，减轻癌症疼痛，提高病人的生存质量。

2001年，南通市通州食品药品监督管理局成立，撤销市卫生局药政科，原药政科工作人员划入药监局工作。卫生系统内部的药政管理工作由市卫生局医政科配合市食品药品监督管理局共同负责。

2003年8月，成立药品招投标办公室，逐步将全市各级医疗单位的药品、大型医疗器械采购纳入招投标范围，强化药品、医疗器械进货渠道管理，减少流通领域中间环节。至2007年末，全市共招投标药品品种6448个，占临床用药品种的81%，采购总金额1.61亿元，降低药品采购成本2414.64万元，下降15%。2007年12月，暂停药品集中招投标工作。2008年1月起，各级医疗机构恢复自主采购药品。