1993年，医政管理由市卫生局医政科具体负责，根据有关政策、法规，对医疗活动的全过程进行组织、协调和调控，发挥人员、技术、设备的效能，加强各项医疗制度建设，保证医疗质量和医疗安全，组织医疗事故鉴定（2002年后，医疗事故鉴定由南通市及省医学会组织实施），协调处理医疗事故及纠纷。

1994年，市卫生局在全市范围内开展创建等级医院活动，至1997年12月，全市建成二级甲等医院1个，二级甲等中医院1个，一级甲等医院26个。1998年后，等级医院的管理，主要是巩固创建成果，并创造条件向上一等级医院发展。2003年、2004年、2006年，市第三人民医院、第八人民医院、第六人民医院先后建成二级乙等医院。

2005年4月，全市贯彻落实卫生部“以病人为中心，提高医疗服务质量管理”为主题的医院管理年活动，医政工作实行分工负责制。医政科负责管理市级医院、第三至第八人民医院、镇医院；初保办负责管理村卫生室。社会医疗机构由医政科委托地区卫生所及第三至第八人民医院卫生组负责管理，卫生协会协助管理。年末，各镇成立卫生所，这项工作改由各镇卫生所负责管理。

1993年—2009年6月，根据国家及省颁布的关于医师、护师执业资格管理的法律、法规，医政科落实专人负责执业医师、执业护士资格管理工作，加强督促检查，组织实施执业医师、执业护士资格培训、考核、注册及变更注册。至2009年6月，全市发放执业医师资格证书3088份，执业医师注册1601人，执业护士注册1007人。