1993年—2009年6月，血站向全市50多个医院供血，其中二级医院5个，年均用血量2吨以上。1995年，购置储血冰箱8台，分配到各中心医院和市级医院血库进行血液储存。1996年，建立医院血管员网络，负责对血液的管理、调配、使用，血站每年对医院血库进行一次检查，开展一次业务专业知识培训活动。10多年中，临床抢救用血足量供给，临床用血没有发生医疗纠纷。

市血站严格血液初复检和质控管理制度。2007年前，血液化验过程全部实行两组人马、两套试剂进行8项检测。2007年后，血液检测实行中心化检测，血站在筛选定血型、快速法检测、提取标本等方面严格按照标准规范操作，每年参加卫生部、江苏省血液临检中心的质控。坚持培训考核制度，组织学习部颁标准，每月组织一次业务知识讲座，每半年进行一次理论知识和技能考核，同时对新增人员、转岗人员进行岗前培训，不合格者不可上岗。2000—2007年，全站人员先后4次参加卫生部组织的远程教育考试，合格率100%。实行程序化管理制度，有效运行ISO 9000质量管理体系，2008年统一运用南通市中心血站质量管理体系。

1998年起，血站围绕加强人才队伍培养，加大科研项目和硬件设施的投入。2006年，血站的科研项目《治疗性血液成分单采和置换术在临床上的应用研究》获南通市科技进步四等奖。