1993年，通州市启动卫生城市创建活动，各部门按照《全国城市卫生检查评比标准》，深入开展爱国卫生月与卫生突击活动，组织广大市民整治环境、清运垃圾、清理河道，定期开展除“四害”活动，于1995年建成江苏省卫生城市。

建成省级卫生城市后，全市进一步开展创建活动，于2000年被评为全国卫生先进城市。2003年8月通过考核验收，建成国家卫生城市。同时，全面开展创建卫生镇、卫生村活动。二甲镇于2002年建成国家卫生镇，成为苏中、苏北地区第一个国家卫生镇。三余、十总、兴东、石港、平潮、川港6个镇建成江苏省卫生镇。西亭、骑岸、四安、新联、张芝山、北兴桥、兴仁、五甲8个镇建成南通市卫生镇。二甲镇的三甲、定兴桥、新市、新玻、五福桥、圩洪，金沙镇的虹南、陵园、新三园、虹西、金北，市经济开发区的金南、碧堂庙、九华山，川港镇的志浩15个村建成江苏省卫生村。2005年，江苏省爱卫会确认通州市为“建设健康城市省级试点城市”。

2006年—2009年6月，通州市坚持政府倡导、部门协作、社会支持、全民参与、促进健康的健教方针，把以人为本的健康教育作为提高爱国卫生水平，养成人民群众良好生活习惯的根本措施，贯穿于卫生村镇建设、农村初级卫生保健等各项工作之中。市爱卫会定期印发各种卫生宣传资料近千万份，各地办板报共计5000余期，新闻媒体健康教育专栏、专题节目，累计刊发、播发稿件3000余件。每年爱国卫生月、科普宣传周、世界卫生日、世界无烟日等组织专业人员上街义诊咨询，受众4万余人次。全市义务教育阶段的学校规范开设健康教育课，开课率100%，学生健康知识知晓率90%以上，健康行为形成率88%以上。同时在学校大力开展“一个孩子带动一个家庭”“小手拉大手，共建好家园”活动，扩大健康教育的渗透力与覆盖面。