境内农村改水事业起步于20世纪80年代初期，但发展缓慢。1992年，南通县委农工部、县爱卫会印发《关于进一步明确农村改水若干政策的通知》，将农村改水筹资项目列入下一轮农业承包合同，并建立农村改水基金。1993年，市委农工部、市爱卫会、市建委、市卫生局、市财政局联合印发《关于建立农村改水基金的通知》，确定建立市和乡镇两级农村改水基金。1995年，市政府印发《关于加快我市农村改水工作步伐的意见》，进一步明确从劳动积累工中提取的农村自来水建设费，由各乡镇人民政府列入农业承包合同，统一组织收取后解缴市财政局农发基金农村改水专户，保证改水基金的收取管理与使用。

1993年，全市共有乡镇以上水厂33家，村水厂11家，日供水19.7万吨。1993年新增深井6眼，延伸管道13万余米，当年新增受益人口2.32万人，自来水普及率由1992年的40.48%上升至42.04%。随后几年，全市的改水工作一直有条不紊地推进。1996年，全市消灭自来水空白乡镇。2000年，全市自来水普及率提高到87.7%，达到全国农村自来水普及县（市）标准，通过南通市、省爱卫会考核验收。2001年2月，被省爱卫会授予“农村自来水普及县（市）”奖牌与证书。2002年4月，通州市被全国爱卫会评为“全国农村自来水普及工作先进单位”。

2001年，启动实施“甜水工程”——新建通如长江饮水工程，以求彻底解决个别镇村水源不足的矛盾，逐步实施区域供水。2003年2月，在平潮召开全市农村自来水管理现场会，号召乡镇自来水厂向管理要效益，在管理中求发展。二甲、川港、平潮、三余、四安、姜灶、新联7家自来水厂加强自身管理，先后被评为“江苏省农村先进水厂”。平潮自来水厂2003年被评为“全国农村优秀自来水厂”。

2003年，市委、市政府从2008年在全省江北率先建成全面小康社会总体目标出发，明确以村（居）为单位自来水普及率达90%的要求。经深入调研，全市有5个镇23个行政村（居）未通过农村改水考核验收，有6个镇39个行政村（居）自来水普及率未达标准。市政府要求完成3年新增自来水受益人口4.73万人的农村改水扫尾任务，并对年度目标任务进行分解。同时，市财政明确对通过考核验收达标的村，按实际新增受益人口每人15元标准予以补助。2007—2008年，补助标准提高到每人30元。至2008年末，全市农村自来水受益人口110.34万人，自来水普及率93.74%。2009年起，农村改水工作改由水利部门牵头负责。

1995年，开展创建省级卫生城市活动，对城区9000多个户厕进行无害化改造。2002年，行政区划调整后，金沙镇新扩展区域内2.72万个传统茅厕改造成两格或三格式的无害化卫生户厕。城区改厕累计投入500多万元，用工10余万个。此后，农村户厕改造工程全面展开。至2005年末，全市累计建成卫生户厕33万多个，占户厕总数的73.46%，其中建无害化卫生户厕12万多个，占总数的26.79%。

2006年，省政府将农村改厕工作列入农村“新五件”实事中农村环境整治工程内容。省、市、县（市）三级财政分别按照每厕150元、50元、200元给予补助，新联、兴东、先锋3个镇的4个村（居）完成改厕任务2017个。2007年，二甲、先锋、骑岸、兴东、四安、东社6个镇的15个村（居）完成改厕任务6010个。2008年，省、市、县（市）三级财政分别按照每厕200元、50元、200元给予补助，先锋、平潮、兴仁、兴东、西亭、平东、五接7个镇的13个村（居）完成改厕任务6070个。根据生态市建设规划，川姜、先锋、张芝山、兴东、西亭、平潮、五接、金沙、十总9个镇列入生态创建的重点镇，完成面上改厕1.51万个，其中三格式4190个、封闭式1.09万个，市财政分别按照三格式200元、封闭式100元给予补助。2009年，省、市、县（市）三级财政分别按照每厕400元、330元、300元给予补助，兴东、兴仁、石港、五接、西亭、十总6个镇的12个村（居）列入农村改厕项目村（居），分解落实改厕任务1万个。至6月底，全市有14个镇44个村（居）实施改厕项目，完成改厕9360个，累计完成省改厕项目任务2.35万个。全市卫生厕所普及率79.48%，其中无害化卫生厕所普及率33.66%。