1993年，全市884个行政村设村卫生室886个。1994—1996年，全面推行乡村卫生机构一体化管理，对村卫生室进行改革整顿。1996年末，全市共有村卫生室676个，其中甲级村卫生室432个。1997—2001年，各地通过贯彻实施国务院颁布的《医疗机构管理条例》，在加强日常监督管理的同时，开展3轮村卫生室突击整顿活动，先后对647个村卫生室核发医疗机构执业许可证。2002年，在行政村设置调整后，市卫生局对村卫生室设置重新规划，对符合执业登记条件的500个村卫生室予以重新注册。2003年8月，市政府印发《关于加快发展农村社区卫生服务的意见》，市卫生局制定《通州市2003—2005年农村社区卫生服务站设置规划》，全面推进农村社区卫生服务站建设。2003—2005年，全市各地通过多渠道筹措资金，共新建和改建农村社区卫生服务站358个，达规划数的98.6%。2006年—2009年6月，以增强农村卫生机构功能和提高服务能力为核心，整体规划农村卫生资源布局，全市农村社区卫生服务站设置规划调整为309个。各地按照农村社区卫生服务站建设标准，采取新建、改扩建等多种途径，累计建成标准化社区卫生服务站234个，覆盖率75.7%。市财政为达到标准化建设的社区卫生服务站统一配备1.5万元的设施、设备，有效改善农村医疗卫生服务条件。

通州市乡村医生产生于20世纪60年代，俗称“赤脚医生”。经过多次培训，乡村医生队伍素质不断提高。1994年7月，石南乡王志华等5名乡村医生被卫生部医政司、中国农村卫生协会评为全国优秀乡村医生。为进一步加强乡村医生队伍管理，1994年11月，市卫生局对乡村医生实行持证上岗制度。全市1295名乡村医生报名参加考试，1095人取得上岗资格。1995—1997年，通过对未取得上岗资格人员二轮培训、考核，再录用乡村医生195人。1998年11月22日，组织全市乡村医生上岗资格证书换发证考试，并首次集中召开全市乡村医生大会。1999年11月—2000年5月，分两批对320名乡村医生进行专业知识系统化教育培训。2001年12月，召开全市农村卫生管理暨乡村医生大会，再次对乡村医生上岗资格证书进行换证考试。2003年6月，市卫生局委托市卫校对81名在职乡村医生开展为期3年的社区卫生中专学历教育。2004年，依据国务院颁布的《乡村医生从业管理条例》，完成1061名乡村医生执业注册。11月，为规范开展社区卫生服务，组织全体乡村医生开展全科医学基本知识培训、考试。2005—2006年，对全市1026名乡村医生进行农村常见病、多发病诊治及基础护理和社区急救等基本技能培训考核。2005年12月，卫生部授予海晏镇乡村医生王建勇2005年“全国优秀乡村医生”称号。2007年—2009年6月，对732名乡村医生组织开展以社区预防、保健、流行病学基本知识和社区常见健康问题诊断与处理为主要内容的全科医学基本知识转岗培训，进一步提高乡村医生开展社区卫生服务的能力。