通州市农村合作医疗创办于1969年，经历兴起、波折、再建、发展的过程。1993年，由于取消“初级卫生保健达标”和“合作医疗卫生建设达标”等43项达标升级活动，全市合作医疗出现解体苗头。市政府及时组织有关人员深入基层调查研究，适时调整农村合作医疗工作指导方针，提出“因地制宜，分类指导”的原则，在坚持以“三合”（合医、合药、合防）形式为主要发展方向的合作医疗前提下，积极推行多形式、多层次并存的集资医疗保健制度，并引入风险机制。年末，全市有42个乡镇实行多种模式的合作医疗，其中“三合”加风险保障型9个，“三合”13个，“两合”加风险型20个。1994—1996年，农村合作医疗继续滑坡，仅有9个镇实行“三合”形式的合作医疗，少数镇为“两合”形式，行政村覆盖率徘徊在10%左右。1997年，为贯彻全国农村卫生工作会议精神，确定在恢复“三合”形式合作医疗基础上，全面推行大病风险型合作医疗保健制度，全市882个行政村，实行合作医疗的有692个村，占总村数的78.46%，其中合医合药的56个，合医不合药的636个。1998年，市委、市政府确定以大病统筹为主导形式的合作医疗模式，并按照“低点起步、逐年提高、量入为出、滚动发展”的原则，实行风险基金全市统筹；建立合作医疗管理委员会及办公室，出台《通州市农村合作医疗管理暂行办法》等规范性文件。7月1日，农民大病统筹医疗正式启动，当年全市有29个乡（镇）64.37万人参加大病统筹医疗，乡（镇）和农业人口覆盖率都在60%左右，实际到账资金130余万元，申请结报人数407人，有273人获得60.95万元的补偿，其中29人获得5000元以上的补偿。1999年，在积极办好多种形式合作医疗的基础上，推行全市农民大病统筹医疗，重点在组织领导、宣传发动、资金筹集、规范管理4个关键环节上下功夫，促进大病统筹医疗的健康发展，乡镇覆盖率98%，农业人口覆盖率99%。有986人获得总额231.62万元的补偿，其中8人分别获得1.4万元的最高补偿。

2000年起，市政府连续6年将全面实施农民大病统筹医疗工作列为为民办实事项目大力度推进，将合作医疗目标任务纳入对各镇和有关部门的目标管理考核内容。同时对合作医疗政策作适当调整，提高筹资标准，加大财政投入力度，降低结报起点，扩大补偿范围，让参合农民得到更多实惠。此外，市卫生局还会同市委组织部、市民政局等部门研究制定农村老党员和“三老”优扶对象等特殊人群的医疗保障优惠政策。2000—2002年，全市累计257.01万人次参保，7271人次获得927.86万元补偿。2003年，人均筹资标准7.5元，参合农民受益面进一步扩大，全市80.08万人参合，参合率87.44%，6477人获得560.1万元补偿。2004年，全市有1万多人次获得866.31万元补偿。2005年，市政府出台《通州市新型农村合作医疗管理暂行办法》，明确新型农村合作医疗实行征、管、监相分离的运行模式，即市镇两级政府负责财政资助资金的筹集，各镇政府负责农民个人出资部分的征缴，中国人寿保险公司通州支公司承担基金的补偿支付业务，卫生部门对人寿保险公司基金运作和定点医院服务行为进行监管。全市89.63万人参保，参合率91.9%，镇、村覆盖率100%。市农保结算管理中心于6月下旬正式启动合作医疗基金结报工作，全市有2.11万人次获得1387.98万元住院补偿、746.45万元门诊基金补偿。新型农村合作医疗制度的实施，参合农民的医疗负担有所减轻，因病致贫返贫的现象有所缓解。2006年，在南通市范围内率先将合作医疗筹资标准提高到人均50元，补偿封顶线由1.4万元调整为3万元，将6种严重慢性疾病的门诊费用纳入补偿范围。全市87.89万人参加，农业人口覆盖率90.63%，共筹集新农合基金4396.16万元。农村五保户、低保户和新中国建立前入党无固定收入老党员由政府资助其参合。全市共有2.78万人次获得住院补偿3175.31万元，门诊优惠券结报834.04万元。10月，市政府第42次常务会议明确从2007年开始，将次年度的个人参合资金与上一年度的农村一事一议筹资筹劳同步征收，以节约筹资工作成本，保证网络结报系统连续运行。

2007年，全市90.35万人参合，参合率93.16%，人均筹资60元。4.27万人次获得住院补偿5765.95万元，门诊优惠券结报854.07万元。6月25日，市政府第49次常务会议通过《全市城区以外城镇居民参加新型农村合作医疗实施意见》，从7月1日起，将城区以外未参加城镇职工基本医疗保险的城镇居民（包括少年儿童和中小学生），纳入新农合覆盖范围。2008年，新农合的覆盖范围进一步扩大。全市94.88万城乡居民参加新型合作医疗，参合率97.06%，人均筹资标准100元，共筹集新农合基金9396.64万元。市政府第54次常务会议讨论通过提高住院费用报销补偿比例，年度补偿封顶线由4万元调整为6万元，特殊病种由6种扩大到13种。3月，市合管委印发《关于进一步明确参加新型农村合作医疗人员意外伤害住院补偿规定的通知》，对参合意外伤害病人的补偿范围和标准作进一步明确。2008年，全市共有5.07万人次获得7920.2万元住院补偿、824.66万元门诊补偿。2009年6月，全市96.36万城乡居民参合，参合率98.57%，基本实现全覆盖。新农合人均筹资标准提高到120元。1—6月，全市2.02万人次获得2766.51万元住院补偿、309.48万元门诊补偿。