全市农村初保工作始于1990年。1993年3月，市政府制定《通州市实现2000年人人享有卫生保健概略规划》，进一步明确全市农村初保工作的目标任务。1994年后，全面推行农村合作医疗制度，有效提升农村居民医疗保障水平。1996年11月和1997年9月，分别通过南通市初保委组织的农村初保基本合格县和合格县审评验收。1997年10月，省初保委确认通州市达到省初保合格县标准。1998年2月，省政府授予通州市“初级卫生保健合格县（市）”奖牌。1998年3月，全市开展初级卫生保健合格镇创建活动。至1999年末，共有45个乡镇通过南通市评审，获“初级卫生保健合格镇”称号。2000年4月，省初保委对全市初保工作进行考核评估，确认通州市初保工作达先进县（市）标准。2001年2月，省政府授予通州市“江苏省初级卫生保健先进县（市）”称号。2002年后，全市以贯彻实施《江苏省农村初级卫生保健条例》为契机，全面启动新一轮农村初保工作。2006年7月，市政府制定《通州市农民健康工程实施方案》，全面启动农民健康工程先进市创建工作。2007年4月，通州市在南通市率先开展“农民健康工程先进镇”创建活动。2007年11月和2008年12月，分别接受南通市组织的农民健康工程先进市、先进镇考核验收。2009年2月，南通市农民健康工程领导小组授予通州市“南通市农民健康工程先进县（市）”称号，授予平潮镇等3个镇“南通市农民健康工程示范乡镇”称号，授予刘桥镇等7个镇“南通市农民健康工程先进乡镇”称号。