散居儿童保健对象主要是未入托幼机构而散居在各个家庭中的初生至入小学前的儿童。1993年，散居儿童系统管理在全市全面实施，当年3岁以下儿童系统管理率为60%，2005年为96.48%。体弱儿管理也同期开始。2002年起，妇幼保健所以城区为主，在全市开展婴幼儿早期教育，共有302名儿童，受教1486人次，对促进婴幼儿全面发展取得良好效果。1994年起，开设儿童心理卫生门诊，当年智测612例，心理咨询527例。2006年，开设儿童多动症门诊。2008年，检测159名儿童。2009年1—6月，检测168名儿童。

集体儿童保健是指幼儿园、托儿所开展的儿童保健。20世纪80年代起，城区儿童入园开始接受入园体检服务。1994年12月，卫生部《托儿所幼儿园卫生保健管理办法》及《江苏省托幼机构卫生保健管理办法实施细则》颁布实施，全市幼儿园卫生保健逐渐进入规范化管理。1995年起，各乡镇幼儿园陆续开展幼儿入园体检工作。1997年起，对幼儿园卫生保健进行合格评审，1998年对第一批评审合格幼儿园颁发“通州市卫生保健合格单位”铜牌。以后又多次对幼儿园卫生保健进行评审。2009年6月，城区幼儿园入园体检率达99%，各镇幼儿入园体检率90%左右。

2000年3月起，根据省卫生部门要求，开展5岁以下儿童死亡监测工作，通州市选取五总乡为监测点。2003年起，在全市全面推开，形成县镇村三级监测网络，对5岁以下儿童进行死亡监测，并进行死因分析。由于采取有力干预措施，5岁以下儿童死亡率逐年下降，由2000年的12.11‰下降到2009年6月的8.75‰。

2000年3月起，根据省要求开展出生缺陷监测工作，全市选取市人民医院、中医院2个监测点，每季进行出生缺陷监测质控。2003年在全市全面推开。2000年—2009年6月，全市共监测3.23万例围产儿，发生出生缺陷175例，平均出生缺陷率为5.4‰。各类出生缺陷中，以唇裂腭裂居首，占28.33%；神经管畸形（包括无脑畸形、先天性脑积水、脊柱裂、脑膨出）占18.33%。

2000年起，通州市在南通市率先开展新生儿苯丙酮尿症筛查工作，至2005年末，共检查2.48万例，1例可疑，无阳性检出。2004年4月起，通州市全面实行新生儿听力筛查，至2009年6月，共检测2.4万例，经南通市确诊听力障碍39例。

1998年，市妇幼保健所在全市开展佝偻病辅助检查——骨碱性磷酸酶检测，至2002年，共检测5万例左右，阳性率平均在30%左右；2003年起改由各镇医院自行检测。2003年，市妇幼保健所引进多通道原子吸收光谱仪，对0～6岁儿童进行微量元素检测，至2009年6月底，共检测微量元素缺乏2.77万例，其中锌元素缺乏8807例，占31.75%；钙元素缺乏2086例，占7.52%；铁元素缺乏1.25万例，占45.02%。

根据《南通市基层规范化儿童保健门诊建设标准》要求，2005年，通州市在镇政府所在地医院推行儿保门诊规范化建设，对人员、房屋、设备、台账资料及装修要求作出明确规定。儿保门诊统一设宣教室、健康检查室、发育筛查室、活动室，由市卫生局统一配备各种设施设备。2009年6月底，全市共有儿保门诊20家，其中示范化门诊18家，达标率90%。