1993年，卫生部门继续对市级医院污水处理进行监督。1994年起，医院污水处理监督范围扩大，全年对5个市级医院及中心医院的污水处理进行检查和技术指导。1997年，在对2个城区医院、18个中心医院和有污水处理设施的乡镇卫生院进行监督检查的同时，还对污水处理方式进行业务培训。2003年，市级医院、中心医院和有污水处理设施的镇卫生院污水处理合格率为70%。2006年，全市共有20个医疗单位有污水处理设施，14个设施完好，6个不能正常使用，检测项目合格率为90.3%。2008年，全市6个医疗单位新增污水处理设施，全年污水检测项目合格率为87.9%。2009年1—6月，全市10个医疗单位新增污水处理设施，污水检测项目合格率95.6%。

1995年，全市共发放公共场所卫生许可证551份。同时结合创建卫生城市工作，对城区公共场所进行验证，验证率92%，从业人员体检率100%，“五病”（痢疾、伤寒、病毒性肝炎、化脓性或渗出性皮肤病、活动性肺结核）调离率100%。对城区107个公共场所进行卫生监督340户次，每户年均监督3次以上。1996年3月，召开全市卫生监督工作会议，组织基层卫生检查人员学习《公共场所卫生管理条例》。

1999年，加大公共场所卫生管理监督执法力度。全年共验证近1000份，新发卫生许可证451份，体检从业人员1756人，查出“五病”调离率100%；城区公共场所监督频次户均5次以上，乡镇2次以上。对32个无视法制的非法经营者给予行政处罚，其中城区9个，乡镇23个；申请法院强制执行10个，取缔非法经营的小理发店3个，行政罚款6800元。2000年，对12个浴室进行预防性卫生监督。

2004年，换发卫生许可证1140份，其中理发美容业861份，旅店业68份，文化娱乐业41份，公共浴室业73份，商场书店34份，游泳池4份，体育馆1份，图书馆1份，汽车站1份，其他56份；公共场所从业人员体检3328人，查出“五病”患者3人，全部作调离处理。在对从业人员健康体检的同时，进行有针对性的卫生知识培训。在抽查的670名从业人员中，良好率为97.7%。2006年，换发卫生许可证1203份，公共场所从业人员体检2436人，查出“五病”患者1人，作调离处理。监督检查公共场所1203个，监督覆盖率100%，监测928个次，合格889个次，合格率95.8%；监测样品2406项次，合格2151项，合格率89.4%。查处各类违法的公共场所单位17个，行政罚款5920元。2008年，换发证1299份，公共场所从业人员体检3862人，并进行2次专项检查。5月，对城区美容理发场所的公用物品进行采样，共采样本54份，合格41份，合格率75.9%。10月，对洗浴场所的公用物品采样58个，合格44个，合格率75.9%。查处各类违法的公共场所单位7个，行政罚款2020元。

1993年，全市有自来水厂33个，其中城区1个，乡镇32个。当年夏季，南通市区排放的工业污水污染通吕运河后，通州市政府在九华山兴建城区水厂第二取水口，同时加强内部管理和消毒措施，饮用水卫生得到保证。1994年，城区水厂水质合格率95%。1995年，自来水厂的水管人员进行健康体检和卫生知识培训，及时发放健康证和培训合格证。

1997年，各乡镇政府增加投入，11家水厂建立化验室，并按照建设部、卫生部《生活饮用水卫生监督管理办法》的要求依法领取卫生许可证，220名水厂从业人员全部进行体检。1999年，全市41家自来水厂中，有22家经监督验收合格领取卫生许可证。2000年，全市90%的水厂有消毒设施，80%的自来水厂办理卫生许可证。2001年4月，对16家水质检验不合格的单位发责令整改通知书，将水质检验情况以简报的形式进行内部通报，同时对合格水厂在《通州日报》上进行通报表扬，促进全市饮用水卫生工作的开展。2001年，通吕运河和九圩港的源水水质先后受到严重污染，市卫生防疫站组织大量人力物力及时调查处理。

2004年开始，全市开展集中式供水单位水质专项整治工作，重点是水质消毒设施配备是否达到要求，消毒设施和净化设施是否正常运转，重要水质指标是否达标。通过整治，有8家集中式供水单位添置消毒设施。2006年，全市41家自来水厂全部领到卫生许可证。2007年，全市开展集中式供水单位水质专项整治工作，有40家配备消毒设施，其中氯化消毒35家，二氧化氯消毒5家；有2个单位因自来水水质不符合国家卫生标准而受到行政处罚，罚没款3000元。