1995年，市卫生局结合通州实际，以创建卫生城市为契机，制定并发布《餐饮业卫生要求》《面点店卫生要求》《蛋糕、糕点房卫生要求》《熟卤食品加工、运输、销售卫生要求》《食品厂卫生要求》《食堂卫生要求》《食品批发、零售业卫生要求》等规范性文件。1998年6月，出台《通州市实施〈中华人民共和国食品卫生法〉暂行办法》。2000年4月，出台《关于加强农村食品卫生监督管理工作的意见》。为促进这一系列文件的贯彻执行，一方面充分发挥新闻媒体的作用，利用电视、电台、报纸、专栏、黑板报等形式进行多渠道、广覆盖的宣传教育；另一方面加大对食品生产经营单位经常性卫生监督检查频次，加大对村级食品卫生监督管理力度，每年监督覆盖率均为100%；同时，对新、改、扩建的食品生产经营单位进行预防性卫生监督。1996年以后，卫生部门有组织、有计划开展卫生城市长效管理工作，同时利用节假日及卫生周活动等进行食品卫生专项检查评比活动，坚持每2个月开展一次食品卫生流动红旗竞赛评比，每次评出10面流动红旗单位，并通过新闻媒体表彰公布。2003年以后，市内开展食品放心工程，对100平方米以上餐饮业（饮食服务业、集体食堂）单位、纯净水生产加工单位、大型超市实施食品卫生监督量化分级管理等级评定工作，有重点地加大对评定C级以下的食品生产经营单位的监督管理频次和执法监督力度，督促经营单位加大投入、改善卫生条件。加大行政处罚力度，1993年—2009年6月，全市共查处食品卫生违法案件1400多件，行政罚款160余万元。

市卫生局坚持卫生许可证审核发放制度，通过工作会议、发布公告、新闻媒介宣传等形式，明确换发卫生许可证条件和要求，同时加强食品卫生许可证换发审查工作，严把换发证关，1993年—2009年6月，通州市除1993年、1995年发证率分别为99.43%和99.3%外，其余年份均为100%。

根据国家食品卫生的有关法律、法规、规章规定，结合审核发放卫生许可证，市卫生局从1993年起，继续采取分镇、分行业、分专题对食品生产经营人员进行食品卫生知识培训，培训率与培训合格率均为100%。同时，加强食品生产经营人员健康体检，体检率逐年提高，1993—2003年，保持在98%以上，2004年以后，体检率100%。检出“六病”（痢疾、伤寒、病毒性肝炎、活动性结核、化脓性或渗出性皮肤病、其他有碍食品卫生的疾病）人员调离率均为100%。

食品卫生监测  1993年，对食品生产经营单位熟卤菜、糖果、饮料、奶制品、糕点等19类食品进行卫生监测，共抽检1243件，合格955件，合格率76.83%。1994年和1995年，合格率分别为78.68%和81.86%。1996年起，合格率明显上升，常年保持在85%左右。1999年起，食品卫生监测种类增至23类，监测数量多数年份比1993年增长100%以上。2008年，抽检食品3580件，合格3196件，合格率89.27%。

餐具卫生监测  1993年，对418件餐具进行消毒效果监测，合格62件，合格率14.8%。1994年和1995年，合格率分别为72.1%和55.7%。1997年，在食品卫生质量监测中，重点加强餐具消毒效果的监测。在监测的800个餐饮单位中，餐具消毒的762个，占95.25%；监测餐具8740件，是1996年的14.2倍，合格7662件，合格率87.7%。2009年1—6月，监测餐具2357件，合格2080件，合格率88.2%。

根据卫生部制定的《食物中毒事故处理办法》和《中华人民共和国食品卫生法》，对食物中毒的报告、调查控制、采样、患者个案调查、处罚等实行规范化管理，每年均举行食物中毒应急演练。1991—1995年，食物中毒9起，中毒人数374人；1996—2000年，食物中毒5起，中毒人数97人；2001—2005年，食物中毒20起，中毒人数439人；2006—2008年，食物中毒8起，中毒人数81人。除1998年硝酸钡引起的家庭性食物中毒造成2人死亡、2001年亚硝酸盐引起的家庭性食物中毒造成1人死亡外，其余年份均无死亡病例发生。