1993年，市卫生防疫站对16个公有经济企业137个监测点进行有害因素定点监测，合格率为63.5%。1994—2003年，除2000年、2001年和2002年合格率分别为20.85%、11.11%和15.76%外，其他年份合格率均在45%左右。2004年起，将非公有经济企业有害因素列入监测范围。2004年，共测123个企业289个点，合格率为46.02%，其中公有经济企业25个132个点，合格率为58.33%；非公有经济企业98个157个点，合格率为35.67%。2005年，对126个企业进行有害因素监测，共测307个点，合格率47.56%，其中公有经济企业23个128个点，合格率60.94%；非公有经济企业103个179个点，合格率37.99%。2006年，监测工厂企业123个，有能力监测的乡镇监测有害因素企业约200个，监测覆盖率62%；应测点448个，测定点328个，实测率73.2%，合格点126个，合格率38.4%。2007—2009年，每年监测企业数在150个左右，点合格率分别为45.6%、60.1%和66.49%。

1993年，对500名铅作业工人进行血铅检测，发现异常150人，给予驱铅治疗135人；检查治疗生活性铅中毒36人，中毒原因均为饮用铅壶装的酒。此后，这项工作常年开展，并从1999年起每年对接触铅作业工人实施健康监护，至2004年，先后收治血铅异常1218人次。2005年，对全市铅作业工人集中时间进行体检，并对有症状的及时给予治疗，全年收治血铅异常工人132人，其中有腹痛等临床症状的78人。2006年，开始对有症状的职工给予随时诊断随时治疗，至2007年，为332名铅中毒职工进行排铅治疗。2008年以后，因单位改造，停办铅中毒病人的收治。

1994年，对苯作业工人进行健康检查，发现血象异常27人，及时予以收治。1995年，确诊并收治职业性慢性苯中毒2人、职业性苯观察1人。1997年，确诊职业性慢性苯中毒1人。1999年起，市卫生防疫站对128名苯作业工人实施健康监护。2000—2002年，没有发现确诊急慢性苯中毒。2003年依据《中华人民共和国职业病防治法》，职业性苯中毒诊断由专业机构进行。2002年—2009年6月，每年约对300多名触苯作业工进行职业健康检查，平均约有1%的异常者建议调离原工作。

1993年，对8名原0期尘肺病人进行复查，6人维持0期，2人升为I期；对4名疑似尘肺病人进行复查，1人确诊为I+期尘肺，1人为陈旧性胸膜肥厚，1人为肺结核，1人正常。1994年，经多方努力，对肺功能显著减退的尘肺病人给予疗养。1995年，对995名粉尘作业工人进行尘肺病普查，未发现新病例；1名矽肺病人由Ⅰ期升为Ⅱ期。1997年，对1087名粉尘作业工人进行尘肺病普查，也未发现新病例；1名矽肺病人由I期升为Ⅱ期。1999年起，市卫生防疫站对134名粉尘作业工人实施健康监护。2000—2002年，没有发现确诊尘肺病。2003年，依据《中华人民共和国职业病防治法》，尘肺病诊断由专业机构进行。2002—2005年，每年对1000多名触尘作业工进行职业健康检查。2006年—2009年6月，约以20%增长速度对接触粉尘工人进行职业健康检查，对职业禁忌证患者建议调离，对有明显异常者建议去南通市职业病诊断机构进行诊断。

1993年，全市有放射性同位素工作单位2家，有2台铯-137γ料位仪。1995年，仅剩五总水泥厂1台，2005年市内无放射性同位素源。

1995年，全市有X线机单位72家，有医用X线机110台、工业探伤X线机8台。1996年开始创建“通州市放射防护综合监督管理示范市”，1997年通过省卫生厅考核验收。2001年行政区划调整后，全市有X线机单位68家，有X线机90台，以200毫安X线机为主。2003年10月1日起，施行《中华人民共和国放射性污染防治法》。至2005年，近一半卫生院及医院实行隔室遥控透视，放射工作人员年人均辐射剂量1.0mSv，比2000年的2.1mSv下降52.4%。同年12月1日起，施行《放射性同位素与射线装置安全和防护条例》，放射监管职能由卫生部门转向环保部门，卫生部门按照《职业病防治法》继续做好放射工作场所的监测和放射工作人员的健康监护工作。2006年—2009年6月，对放射工作单位射线装置进行监测，监测率100%，合格率96%，监测发现的问题均及时整改。

20世纪90年代以后，农药种类发生明显变化，高毒类农药逐渐被中、低毒类农药所取代。加之通过广播、黑板报、发放宣传资料，宣传农药中毒防治知识，农民的防护意识逐步增强，生产性农药中毒发生较少，尤其是生产性农药中毒死亡明显减少。1993年，全市发生农药中毒394人，其中生产性农药中毒104人，无生产性农药中毒死亡。此后，除1997年、1998年、2003年、2004年、2007年这几年夏季温度偏高，生产性农药中毒发生超过200人，其余年份生产性农药中毒在200人以下。1995年、1997年、1998年、2006年4年，发生生产性农药中毒死亡7人。2003年，海晏镇原东余乡境内发生一起23例棉农轻度农药中毒事件。2004年发生两起生产性农药中毒事件：一起是正大农药厂6名工人发生轻度农药中毒，另一起是通灵复合肥厂3名工人中毒，经抢救治疗后康复。2008年起，生产性农药中毒病例逐渐减少，无生产性农药中毒死亡病例。