1989年起，境内连续监测4年未发现布鲁氏杆菌病疫情。1993年，继续贯彻《布鲁氏杆菌病全国监测点监测工作试行方案》，在石港、兴仁、三余区及市种畜场、市奶牛场开展监测，监测1172人，监测牲畜和其他动物1450头（只），亦未发现布鲁氏杆菌病病人和病畜。至2008年，每年进行监测和防控，市内无布鲁氏杆菌病疫情发生。

1995年，全市开展重点人群补碘工作，0～6岁儿童、在校中小学生、新婚育龄妇女、3个月内早期孕妇以及哺乳期妇女普服碘油丸，计27万多人。1996年起，全市推行食盐加碘，监测碘盐212份，合格率61.79%。此后，每年都进行碘盐监测，合格率均为100%。1998年，抽查30所小学1200名8～10岁儿童，甲状腺肿大率为4.92%。同年，通州市碘缺乏病防治通过南通市卫生局验收，2000年通过省卫生厅考核。季平、江喆、刘晓钟等承担的“妇女孕期尿碘水平与婴儿TSH和智能发育关系的研究”课题，获2005年度南通市科学技术进步三等奖，该研究项目部分成果填补国内空白。2009年6月，通州疾病预防控制中心组织9个镇卫生所，按南通市疾病预防控制中心随机抽样确定的36个村，每村抽取8户居民，采集盐样，控制中心碘盐实验室进行定量检测，288份盐样中3份含碘量小于20毫克/公斤，285份为合格碘盐。