1993年，通州市对以往发现血吸虫的24个乡镇及6个毗邻乡镇共489个村进行自查、互查、复查、抽查4个回合的查螺，合计用工13.9万个工日，未发现钉螺。当年，江苏省暨南通市血防达标考核组对石港镇花园桥村、骑岸镇岸西村和正场乡五接桥村进行螺情和病情考核，未发现钉螺和病人。考核组对全市的血吸虫病病情、螺情及历史资料图账等逐项严格考核验收，确认达到消灭血吸虫病标准。1994年起，每年对历史上曾有过钉螺的乡镇及五接镇开沙岛进行监测查螺，至2009年4月，共查出10个有螺条块，面积7351平方米，其中新坝乡新发现有螺条块4个，面积1050平方米。所有查出钉螺的河沟，均于当年进行2次以上药物浸泡，灭杀钉螺。截止2009年6月底，累计改造历史有螺环境488万平方米，占全市历史累计有螺面积的76.25%。1993—2008年，每年进行血吸虫监测查病，未发现血吸虫病人。

1995年起，全市加大对肠道线虫病防治工作的力度，采取干预措施，对中小学生和学龄前儿童进行集体驱虫，对农村感染机会较多的重点人群进行目标防治。1995—2007年，采用“驱虫康”进行人群集体驱虫398.1万人次。1999年，按照省部署进行人体寄生虫分布调查，粪检抽查正场、五总各1个村共733人，各虫种感染率为：钩虫1.5%、蛔虫1.64%、鞭虫5.87%、溶组织阿米巴0.14%、蓝氏贾第虫0.68%、其他虫种3.14%。对2个乡镇幼儿园及小学低年级学生用透明胶纸肛拭法检查101人，蛲虫感染率4.95%。2002年，对市人民医院、中医院、结核病院和6个中心医院1991—2001年的所有住院病案调查统计，11年中9个医院合计住院病人25.45万人，因寄生虫病住院258人，占总住院病人的0.1%。2001—2007年，每年抽取2～5个村进行肠道蠕虫病监测查病。抽查的感染率最高为4.48%（2003年），最低为0.59%（2005年）。2008年，省寄生虫病防治研究所组织控制肠道线虫病现场调查，抽查5个乡镇5个村，粪检2583人，检出肠线虫感染者17人，总感染率0.66%，以村为单位的感染率0.39%～0.95%。蛔虫、钩虫和鞭虫感染率分别为：0.12%、0.27%和0.27%，未发现双虫及多虫感染。2008年11月，通过省卫生厅组织的有效控制肠道线虫病考评。

1995年，对平东等8个乡镇（每个乡镇1个村）5周岁以上9735人进行监测，未发现微丝蚴阳性。1996年，对金余等9个乡镇11个村9016人进行监测，未发现微丝蚴阳性。1997年，对川港等9个乡镇（每个乡镇1个村）9892人进行监测，并解剖库蚊1557只，均未发现微丝蚴阳性。同年，经南通市卫生局考核，通州市达到国家消灭丝虫病的标准。此后，常年坚持监测，未发现丝虫病新病人。2008年6月，通州市疾病预防控制中心刘晓钟被卫生部授予“全国丝虫病防治先进个人”称号。

1993—1998年，全市疟疾偶尔发生。1999年，通州市作出自解放以来首次全年无疟疾病例报告。同年，经省卫生厅考核，通州市达到国家基本消灭疟疾的标准。此后，全市除极少数老疟疾病人复发外，无当地感染病人。自2005年起，输入性疟疾病例有增多趋势，主要是来自安徽等高疟区流动人口中的间日疟，以及因劳务输出在国外感染的恶性疟。2009年1—6月，报告输入性间日疟1例、输入性恶性疟3例。