2000年，金沙、四安、骑岸、新联、海晏、平潮、兴东、余西、张芝山9个乡镇开展慢性病基线调查，为做好慢性病防治工作提供依据，共调查3.11万人，慢性病总患病率74.46%。主要患病率依次为高血压23.1%、胃及十二指肠疾病9.18%、糖尿病4.84%。主要共同危险因素为吸烟、过量饮酒、超重肥胖、生活紧张、口味偏咸、缺乏体育锻炼等。

2002年11月起，在四安镇建文村、肖家桥村进行慢性病防治工作试点。以高血压、糖尿病防治为重点，以控烟、控酒、限盐、平衡膳食为主导措施，采取市、镇、村三级预防相结合、以村级预防为主的工作模式，开展有针对性的健康教育与健康促进。2004年，两个试点村建立高血压、糖尿病俱乐部。同年，四安镇卫生院和两个试点村卫生室对35岁以上首诊病人测血压，其中高血压185人，患病率为10.66%。2005年，两个试点村进一步健全村民健康档案，建文村建档1862人，建档率95.96%；肖家桥村建档1849人，建档率95.27%。两村高血压病人系统管理率94.72%，规则服药率83.74%，血压正常控制率71.13%；糖尿病病人系统管理率94.32%，规则服药率88.64%，血糖正常控制率71.41%。

2007年5月，在全市开展“健全居民健康档案突击月”活动。通过1个多月的突击，全市60岁以上老年人建档率88.29%，除城区外，各镇均达80%以上。为加快城区建档进程，10月专门拔款3万余元用于城区居民建档，在电视台、《通州大众》报上播放、刊登免费健康体检通知，印发体检通知送至每家每户，邀请市级医疗单位专家参与体检。10月20—26日，通州市城区12个卫生服务站同时开展免费健康体检及建档补档工作，市卫生局派人每日巡回检查指导，确保建档质量，督促工作进度。至2007年，全市各镇共对60岁以上老年人22.39万人建立健康档案，建档率91.47%；慢性病建档5.81万人，建档率98.37%。

2007年7月，根据国家“十一五”科技支撑计划项目（代谢综合症发病趋势和综合控制研究）江苏协作点方案，选择石港镇为干预点、刘桥镇为对照点。调查分两年进行，由南通市及通州市疾控中心组织有关人员40余人，深入两镇农村对居民开展健康调查，包括问卷询问、免费健康体检及抽血化验。整个调查工作于2008年8月16日结束，共调查2.42万人，采血化验2.11万人，化验结果3天后及时反馈给村民。调查结束后，干预点社区开展有针对性的健康促进工作。