1993—2003年，全市对甲、乙类共25种传染病进行疫情报告；2004年起实行新的疫情报告制度，对甲、乙、丙类共37种传染病进行疫情网络直报。2008年5月起，进行手足口病网络直报。2009年5月起，进行甲型H1N1流感网络直报。

1993年—2009年6月，每年按季度进行传染病漏报检查，全市医疗单位传染病报告率、报告符合率均在98%以上。

1995年起，城区各医疗单位实行门诊日志制度，进行门诊、住院病人登记和传染病登记，1997年在全市推行，2004年起进一步规范。

肠道致病菌监测  1993年5—10月，全市各医疗单位肠道门诊对腹泻病人进行霍乱弧菌监测，共报告腹泻病人1164例，其中粪检123例，全部为阴性。此后，医疗单位肠道门诊监测常年坚持。1995年起，五总乡列为腹泻病监测点，在乡卫生院和各村卫生室全年开展腹泻病人登记、采样，检索霍乱病原体，并于每年3—11月采集不同水体水、海（水）产品、熟食品，检测霍乱、副霍乱、伤寒、痢疾等肠道致病菌。2000年，增加余北、唐洪、金西、十总4个乡镇为腹泻病监测点。5个腹泻病监测点每年均于8月份进行居民腹泻病漏报调查。2008年起，对民间厨师及村级腹泻病人加强检索。2008年—2009年6月，制定外环境霍乱弧菌监测方案，重点做好近5年发生霍乱疫情地区监测，以及甲鱼、牛蛙等水产品的检测。

计免针对疾病监测  1993年起，继续在市级医院及各中心医院全年开展急性弛缓性麻痹、麻疹、新生儿破伤风监测。至2009年6月，仅发现零星急性弛缓性麻痹，未发现新生儿破伤风病例。

疾病监测点综合监测  1993年，继续在石港、石南、五窑、四安、五总5个乡镇疾病监测点进行综合监测，内容包括人口及寿命、人群免疫水平、免疫成功率、传染病疫情、居民传染病漏报及病原学调查等，同时开展病毒性肝炎、伤寒、麻疹、流行性脑脊髓膜炎等专题调查研究。此项监测常年坚持。由市防疫站负责的“通州市疾病监测流行病学研究”课题，获1998年度南通市科学技术进步三等奖。

“非典”、禽流感、流感监测  2003年4月29日—6月8日，通州市在兴仁收费站设立入境检疫站，在全市医疗机构建立53个“非典”监测点，随时对就诊的发热病人进行筛查，未发现“非典”病例。此后每年1—4月各监测点都正常开展工作。2005年11月，市人民医院、中医院被确定为通州市禽流感和不明原因肺炎哨点监测医院。2009年5月，市人民医院被确定为南通市流感样病例监测哨点医院，每周上报流感监测报表。

脊髓灰质炎（小儿麻痹症）  由于各项防治措施落实，至2009年6月，全市连续25年未发生该病。“通州市消灭脊髓灰质炎措施效果研究”（尹桂成等）课题，获2002年度南通市科学技术进步三等奖。

麻  疹  1993—1999年全市麻疹发病处于极低水平，2000—2004年略有升高。2005年，全市麻疹明显增多，全年发病203例，3—5月为发病高峰，主要分布在金沙镇和南通周边地区，患者以成人居多。疫情发生后，卫生部门在规定的时间内完成个案调查和采样检查，并开展主动搜索和应急免疫，有效控制疫情蔓延。2006—2008年，麻疹疫情有所下降。2009年3—4月，全市开展麻疹强化免疫活动，对全市8月龄至14岁儿童免费进行麻疹疫苗接种。

病毒性肝炎  1993年春季全市甲型肝炎流行，全年病毒性肝炎病例增至6315例，发病率为433.72/10万，占当年甲、乙类传染病总数的71.79%。疫情发生后，卫生部门及时采取措施，疫情得到控制。1994年起，全市大力开展肝炎“压春峰”工作，当年发生病毒性肝炎1933例，比1993年下降69.39%，受到省卫生厅表彰。此后病毒性肝炎发病率控制在较低水平，2005年全市发生470例，发病率37.01/10万。2008年，全市发生457例，发病率36.68/10万。

结核病  1993年，全市累计有结核病人1127人，治愈1089人。1994—1996年，对结核病加强归口管理和肺科门诊建设，并落实结核病人补助。1997年，全市进一步健全结核防治网络，现症病人基本上都能得到及时正规治疗和管理，患病率明显下降。1998年8月，卫生防疫站不再设结防科和肺科门诊，结防工作划归市结核病防治院统一管理。2002年，全市实施现代结核病控制策略，加强市、镇、村三级结防网络建设，结核病归口管理工作进一步加强，全年新登记活动性结核病人570例，其中涂阳结核病人98例，新发涂阳结核病人82例，病人得到规范化管理和治疗。2005年，为最大限度的发现涂阳肺结核病人，在市人民医院、市中医院、市第三至第八人民医院建立痰菌检查点，提高肺结核涂阳病人发现率，全年新登记活动性结核病人1146例，其中涂阳结核病人582例，涂阴结核病人564例。2007年，通州先后参加《中国结核病防治工作》“指南”部分内容的修订和《国家结核病专报》系统需求说明的编写。2008年，通州自主开发的基层结核病管理信息系统在南通市推广应用。2009年5月，参加“中国卫生部—盖茨基金会结核病防治项目”患者管理子项目相关软件需求的编写。

非典型肺炎（SARS）  2003年4月，市政府成立“非典”防治指挥部，各乡镇党委、政府也建立“非典”防治领导小组。4—6月，卫生部门实行24小时值班和疫情日报告、零报告制度。对市内可疑发热病人4人、密切接触者89人、间接接触者92人实行隔离观察；对“非典”流行地返乡人员6852人进行严格的医学观察，全封闭隔离观察在外地密切接触“非典”病人的返乡人员3人；对外来外归人员体温超过摄氏37.5度的，一律收住发热病房隔离观察治疗；对可疑发热病人疫点消毒2100平方米，预防性消毒1.88万平方米；对密切接触者和间接接触者疫点消毒5640平方米，预防性消毒4.36万平方米。经采取综合措施后，全市未发生“非典”疫情。2004年—2009年6月，继续加强综合防控措施。“突发事件预防医学研究”课题（茅亚达、尹桂成、羌校君等），获2005年度南通市科学技术进步二等奖。

艾滋病  2001年，全市发现首例艾滋病病毒感染者，至2008年，全市共发现艾滋病病人18例、感染者17例，其中9名病人死亡。对艾滋病病人、感染者，市内落实有关免费和补助政策。2005年，市疾控中心建立艾滋病自愿咨询检测门诊，每年开展艾滋病高危人群筛查，对娱乐场所从业人员、既往有偿献血人员、出国劳务输出回归人员及外省农民工及被监管人员等重点人群进行抗体免费检测。2006年，通州市被列入省娱乐场所行为干预项目县之一，首先在城区娱乐场所开展艾滋病高危行为干预工作，并于4月进行基线调查，以后每月高危行为干预工作队均深入娱乐场所进行干预，发放安全套，进行防治知识宣传。2008年，在市人民医院、中医院增设艾滋病自愿咨询检测门诊点，娱乐场所高危行为干预工作推广到全市各个镇（区）。

狂犬病  1993年，全市未发生狂犬病疫情。此后除1996年、2007年无狂犬病病例报告外，其余各年都有狂犬病病例发生，患者全部死亡。2008年最多达6例。1996年，市卫生防疫站和第三、第四、第五、第六、第七、第八人民医院等9个医院设犬咬伤定点门诊。1997年，全市犬咬伤定点门诊增至11个。2006年，制定通州市犬咬伤门诊建设标准与工作规范，进一步提高犬咬伤门诊运行质量。1996年起，人狂犬病疫苗由市卫生防疫站定点专供。

甲型H1N1流感  2009年4月30日，甲型H1N1流感纳入法定报告管理，市内迅速出台相关文件，制定应急预案，贮备应急物资，做好各项防控准备工作。6月12日，市内发现江苏省首例输入性甲型H1N1流感病例，迅速启动应急预案，组织人员第一时间到现场调查处理，病人由市人民医院急救车送至南通第三人民医院隔离治疗，密切接触者进行集中医学观察。由于处置及时规范，未发生疫情扩散蔓延。