1993年，全市有中医中药人员589人，占全市卫技人员总数的17.7%；其中高级职称4人，中级职称141人。1997年，全市在编中医药人员576人，其中高级职称28人，中级职称214人，中医药人员素质逐年提高。至2009年6月，全市共有中医药人员527人，占全市卫技人员总数的16.8%，其中高级职称36人，中级职称315人。

1995年，中医扩展工作在城乡展开，城区以加强市中医院内涵建设和中医特色医疗建设为重点，农村以石港、骑岸、四安等乡镇卫生院、村卫生室为试点，逐渐在全市推广。市中医院被国家中医药管理局评为“全国示范中医院”，被江苏省中医药管理局评为“二级甲等中医院”。1996年，市卫生局建立中医科，市中医院建立中医工作基层指导科，各中心医院、乡镇卫生院相应建立中医管理科，以加强对农村中医工作的管理。市卫生局在抓好市中医院、乡镇卫生院中医试点工作的同时，结合农村初级保健工作，对村级卫技人员进行中医中药知识的培训普及工作，以提高乡村医生应用中医中药的理论知识水平。

1998—1999年，市中医院被南通市卫生局评为“南通市创建全国农村中医工作先进集体”，被省中医药管理局评为“九五规划实施管理先进集体”。2000年5月中旬，通州市通过全国农村中医工作先进市评审；7月，国家中医药管理局授予通州市“全国农村中医工作先进县（市）”称号。

1993年—2009年6月，市中医院投资3000万元建成ICU重症监护室和血透室，添置螺旋CT、全数字化X光胃肠机、CR、彩超、德国产腹腔镜、电子胃镜、全自动系列化分析仪、多功能麻醉机等。到2009年6月，开展的中西医结合治疗项目有：断掌再植、全髋关节置换术、超声乳化治疗白内障、多功能微波治疗宫颈糜烂、乳必宁治疗乳腺增生症、单臂型支架治疗儿童股骨中段横行骨折、喙突移位动力重建治疗肩锁关节脱位、麻醉下手法松解治疗重症冻结期肩周炎等。