1995年2月，二窎乡卫生院合并到市结核病防治院，合并后称通州市结核病防治院，并增挂十总中心医院的牌子，承担原市结核病防治院和二窎乡卫生院的职责。原十总中心医院改称十总卫生所。

1998年11月，三余镇卫生院由市第五人民医院托管。

1999年1月，张芝山镇卫生院由市第三人民医院托管。

2000年10月，二甲镇卫生院与通州市第四人民医院合并。

2002年7月，撤销平潮镇平潮卫生院，其在职人员、退休人员分流到平潮镇4家医院，资产及职能划归通州市第八人民医院。刘桥镇刘桥卫生院由通州市第七人民医院兼并。

2004年12月，张芝山镇卫生院由通州市第三人民医院兼并。

2005年12月，三余镇卫生院由通州市第五人民医院兼并。

1994年12月，建立通州市卫生工贸公司，负责对全市卫生系统工贸企业行使统筹规划、组织协调、指导服务等管理职能。

1995年4月，通州市中医研究室更名为通州市中医研究所。

1998年10月，通州市结核病防治所从市卫生防疫站划出，与市结核病防治院合署办公。

2001年4月，行政区划调整，观音山镇卫生院划入南通市崇川区，竹行镇卫生院、小海镇卫生院划入南通市经济开发区管理委员会。

2001年9月，卫生局划出药政、药检职能，划入职业卫生监察职能。通州市药品检验所及市卫生局药政科整建制移交南通市通州药品监督管理局管理。

2002年7月，建立通州市人才服务中心卫生分中心。12月，南通市通州卫生职工中等专业学校增挂“通州市卫生教育培训中心”牌子。

2003年7月，通州市精神病人安康所并入通州市博爱医院，通州市博爱医院增挂“通州市精神病人安康所”牌子，划归市卫生局管理。

2004年5月，金沙、十总、兴仁、通海、二甲、三余、石港、刘桥、平潮9个卫生所分别增挂通州市××卫生监督分所牌子，其主要任务是受市卫生局委托依法在辖区内行使卫生执法监督职能。

2004年7月，通州市十总镇卫生院增挂通州市通如糖尿病医院牌子。

2005年4月，建立通州市农村新型合作医疗管理委员会办公室。

2005年8月，通州市机构编制委员会批准组建23个镇卫生所，核定编制150人。2007年3月，原三余镇卫生所、北兴桥镇卫生所、海晏镇卫生所合并，建立新的三余镇卫生所；原刘桥镇卫生所、新联镇卫生所合并，建立新的刘桥镇卫生所。2007年12月，各镇卫生所增挂卫生监督分所的牌子。2008年3月，撤销川港镇卫生所（川港镇卫生监督分所）、姜灶镇卫生所（姜灶镇卫生监督分所），建立川姜镇卫生所，增挂川姜镇卫生监督分所牌子。2008年9月，设立通州经济开发区卫生所。