1993年起，陆续推行医院分级管理。至1997年12月，全市建成二级甲等医院2个、一级甲等医院30个。通海、二甲、三余、石港、刘桥、平潮6个中心医院分别更名为通州市第三至第八人民医院，原机构性质、级别、人员编制及经费渠道均保持不变。1998年，在医疗卫生单位内部继续推行和完善院长负责制、综合目标管理责任制、岗位责任制、工资奖金浮动制。是年末起，根据《通州市区域卫生实施规划》，张芝山、三余等地重叠医疗机构采取托管等形式进行优化组合，二甲、刘桥、平潮等地的重叠医疗机构采取合并、成立医疗集团等形式进行优化组合，提升卫生资源的利用效率。

1999年，市卫生局会同组织、人事部门联合下发《关于进一步加强和规范乡镇卫生院人事管理工作的意见》，指导各医疗卫生单位深化人事和分配制度改革。合理设置职能科室和业务科室，制订相应的岗位职责。改革领导干部选拔任用办法，对新设岗位、空缺岗位，除单位正职实行任命制外，副职及中层干部实行竞争上岗制。实行专业技术职称评聘分开，按聘任岗位享受相应的工资待遇。建立工作人员交流换岗制，对重点岗位、有权岗位人员实行定期交流换岗。对竞聘上岗之后的落聘人员和优化组合中的富余人员，采取待岗、内退、离岗、辞职、辞退等办法妥善安置。工资、奖金的分配根据工作实绩、贡献大小，合理拉开分配档次，实行档案工资与实际收入相分离。

2003年6月，全市卫生系统深化卫生人事管理改革，全面实行人事代理和全员聘用。聘用的3类人员：各类院校毕业生，外地、外系统引进的专业技术人员，在合同期内主动与原单位解除聘用合同，或因自身过错被原单位按照规定解除聘用合同，或合同期满后自行离开、属自身原因未被续聘，或在医疗机构之间逆向流动的卫生系统原在编人员不纳入其单位事业编制管理。2004年8月起，医疗机构新聘用人员不纳入事业编制管理，按“新人新办法”，人事关系挂市人才服务中心卫生分中心，实行个人人事代理。

2009年1月，市卫生局、人事局联合下发《关于规范政府控股医院人员聘用管理的意见》，对职工的聘用管理根据医院等级、实际开放床位、业务总量等实行配备总量控制，同时严格按照国家有关规定控制非卫生专业技术人员占比。政府控股医院聘任的院长，必须符合卫生行政部门规定的院长任职资格，院长聘期一般为3年。政府控股医院副院长的聘任，由院长提名，市卫生局根据领导干部选拔任用的有关规定进行考察、核准，按医院章程办理聘任手续，由市卫生局行文，聘期与院长同步。3月，市卫生局、财政局联合下发《关于规范政府控股医院财务资产管理的意见》，要求严格执行医院财务制度、医院会计制度和市有关部门关于改制医院财务管理的规定，设立独立的会计机构，加强财务、资产和投资管理，实行总账会计委派制。