通州市（南通县）卫生系统管理体制改革始于20世纪80年代末、90年代初，主要改革乡镇卫生院管理模式，实行以乡镇为主，市、乡镇分工管理的新体制。乡镇卫生院的产权属集体所有，中心医院、市级医院由市卫生局直接管理，产权属全民所有。改革国家工作人员公费医疗保健制度，建立职工医疗保险制度。

1998年，全市乡镇卫生院继续实行市卫生主管部门和当地乡镇党委、政府双重领导的管理体制，市卫生局为主管方，乡镇党委、政府为协管方。

2001年4月，根据市委、市政府有关卫生体制改革的指导意见，所有的镇级医院、中心医院和市中医院实施产权制度改革。2004年，市人民医院也完成产权制度改革。改制医院继续保留事业法人资格，界定为非政府举办的非营利性医疗机构。在职能定位上，实行“保一块，放一片”（保住预防保健、社会卫生管理和卫生监督管理，放开医疗服务），逐步推向市场，确立医疗机构自主经营的法人地位。将医疗服务与预防保健等社会卫生工作彻底分离，医疗服务实行市场化运作，建立社会卫生管理、预防保健服务、卫生监督执法3个网络。组建市疾病预防控制中心和卫生监督所，原预防保健、社会卫生管理等职能和人员从镇卫生院分离出来。2005年，组建各镇卫生所，由市卫生局和所在镇政府共同管理，履行由政府承担的预防保健、社会卫生管理等职能。

至2009年6月，全市卫生系统改制医院中有11个为市政府控股，包括市中医院、6个中心医院（第三、四、五、六、七、八人民医院）和4个镇级医院（东社、十总、兴仁、先锋镇医院），市人民医院为社会法人持大股，另有非政府举办的非营利性镇级医院38个。