1993年，通州市有市级医院2家，农场医院3家，专科医院2家，专病防治所2家，中心医院7家，乡镇卫生院53家。1997年撤销兴仁地区医院，建兴仁医院，将通海、二甲、三余、石港、刘桥、平潮中心医院改成市第三至第八人民医院。1998年，对部分重叠医疗机构进行合并，成立医疗集团等重新优化组合。2000年起，随着行政区划调整和乡镇撤并，医疗机构也相应调整，到2009年6月，通州市有市级医院2家，农场医院1家，专科医院2家，中心医院（市第三至第八人民医院）6家，乡镇卫生院42家，妇幼保健专业机构1家。

1993年，通州市各级医疗、专业机构专业技术人员总数3328人，1997年增加至3515人，以后随着区域调整，乡镇卫生院数量减少，部分医疗机构、专业机构管理人员也相应减少。至2009年6月，全市各级医疗、专业机构共有专业技术人员3146人，比1993年减少182人。

1993年，通州市各级医疗、专业机构实际开放病床2723张；1997年，实际开放病床2591张。2009年6月，实际开放病床3379张，比1993年实际开放病床增加656张。

1993年，通州市各级医疗专业机构专业设施设备总值1013万元，1997年为4046万元。医院产权制度改革前的2000年，专业设备总值6386万元，医院产权制度改革以后，各医疗专业机构加大投入力度，至2009年6月，专业设备总值1.36亿元，比1993年增长12.41倍。

1993年，通州市各医疗专业机构专业用房面积10万平方米，1997年专业用房面积11.76万平方米，医院产权制度改革前的2000年，专业用房面积13.67万平方米。产权制度改革以后，各医疗专业机构加大基建力度，至2009年6月，专业用房面积24.91万平方米，比1993年增长1.49倍。

该医院建于1950年8月，先后称南通县卫生院、南通县人民政府卫生院、南通县人民医院。1993年2月改称通州市人民医院。承担全市和周边地区140多万人口的医疗保健任务，是全市医疗、医学教学、医学科研和预防保健中心。1993年被命名为省级文明医院，1994年正式挂牌成为南通大学医学院教学医院，同年与加拿大魁北克拉瓦尔大学合作成立通州肿瘤国际会诊与治疗中心。1995年被省卫生厅评为二级甲等综合性医院。1996年，被卫生部授予国家级“爱婴医院”称号。2006年成为南京医科大学教学医院，2007年成为上海市第一人民医院集团分院。

1993年—1995年3月，医院实行党委领导下的院长负责制。1995年3月—2004年8月实行院长负责制。2004年8月，医院产权制度改革，实行董事会领导下的院长负责制。2009年6月，设有20个临床医技科室、18个病区，内科、外科、妇科进行系统的二级分科。33个诊疗组对门急诊以及住院病人实行全程管理。骨科、耳鼻咽喉科为南通市重点专科，神经外科、肿瘤科、检验科为南通市重点建设专科。独立并常规开展二级甲等医院必备的诊疗项目及部分三级医院的诊疗项目，部分项目在当地处于领先水平。具有一定特色的医疗技术有：腹腔镜下胆囊切除、阑尾切除、肾上腺肿瘤切除、子宫切除及附件切除术等；关节镜下膝关节前后交叉韧带重建术、半月板部分切除术、髁间隆突骨折复位内固定术、滑膜切除术等；胆道镜术中取石术、术后经T管取石术、鼻内窥镜手术、白内障超声乳化术、前列腺电汽化手术、膀胱镜技术、支气管镜技术、宫腔镜技术、阴道镜技术、无痛分娩、无痛胃肠镜检查及治疗、镇痛术，心脏起搏器安装技术、放射介入技术、全脑血管造影术、各种脑肿瘤脑血管畸形显微外科手术、全髋关节全膝关节置换术、脊柱骨折前后路手术等。

1993年—2009年6月，医院共拆除院内危旧房屋建筑面积1.96万平方米，新建、改建、扩建医疗用房及附属用房，建筑面积3.12万平方米，包括手术楼（1996年投入使用）、门急诊楼（1998年投入使用）、16层病房大楼（2002年投入使用）、综合楼（2006年1月投入使用）、门急诊医技楼及肿瘤中心。2009年6月，医院实际占地面积3.96万平方米，专业用房3.36万平方米。

该医院建于1958年5月，原为金沙镇中医院。1960年升格为南通县中医院。1993年2月改称通州市中医院。历经几十年艰苦创业，发展成为一所环境优美、设施配套、功能齐全、融现代医学与传统医学为一体的综合性中医院。1994年，在南通市首批通过二级甲等中医院评审。医院被省教委批准为江苏省高校实习基地，承担南京中医药大学的临床实习带教任务。1995年12月，被命名为“全国示范中医院”。1996年通过国家卫生部“爱婴医院”评审。

1998年，医院新老班子交替后，紧紧围绕“等级医院”“全国示范中医院”二期建设标准，在全市卫生系统中率先实施人事、分配制度改革，各项业务指标以年均20%的幅度上升。1996—1997年、1998—1999年被评为“南通市十佳医院”。1999年，被南通市文明办表彰为“南通市第一批创建文明行业示范点”，被省卫生厅、省中医管理局表彰为中医机构“九五”建设规划实施先进单位。2000年，通州市被命名为“全国农村中医工作先进县（市）”。

2001年，医院实施以国有资产占主导的产权制度改革。2002年—2009年6月，医院先后投入近3000万元改善诊疗环境，添置更新医疗设备。改造新建病房楼、制剂楼、信息管理中心；建成通州一流的大型输液室、ICU重症监护室和血透室；添置更新螺旋CT机、全数字化X光胃肠机、CR、彩超、电子胃肠镜、腹腔镜、化学发光仪、超声乳化仪、心电监护仪、麻醉机等设备。

医院培养和引进一大批优秀的中医、西医、中西医结合的学科带头人，开展的新技术新项目数十次在市级以上获奖，有数项填补通州空白。“舌癌再造”“断掌再植”等手术开创通州第一。医院设8个病区，设有肝病、心血管、呼吸、肿瘤、脾胃等20个专病门诊，其中6个为中医特色重点专科。常年开设名老医师专家门诊。内科以中西医结合的方法，治疗各系统常见病、多发病和疑难杂症；二级分科如心血管、消化、脑血管、肾病、肿瘤、肝病等科均拥有一批医疗骨干。肿瘤科率先在全市开展介入化疗治疗肝癌、肺癌、胃癌等恶性肿瘤。外科开展各种高危的颅脑手术、盆腔内肿瘤清扫、舌癌根治、肾囊肿、肾肿瘤、胃癌、直肠癌、膀胱癌切除等手术。骨伤科是南通市重点专科，能治疗各种骨折、颈椎病、肩周炎、腰腿痛、类风湿性关节炎等；独立开展各种高难度骨科手术。1998年，在全市率先成功开展断掌再植、美国进口全髋全膝关节置换术、人工肱骨头置换术。皮肤科运用单方、验方治疗各种皮肤病及疔疮、带状疱疹等疾病。针灸科应用冬病夏治、贴敷治疗气管炎，运用电针、激光针、小针刀治疗各种关节痛、面瘫、中风后遗症，针刺治疗近视、经络排石等疾病。儿科采用中西医结合的方法治疗常见病、多发病和危急重症，儿童哮喘专科采用GINA方案规范化治疗儿童哮喘。妇产科开展盆腔清扫、剖宫产、子宫肌瘤摘除等手术。

该医院建于1957年，曾先后称通海地区医院、通海区医院、通海中心医院。1996年增挂“通州市近视眼防治院”牌子，1997年3月更名为通州市第三人民医院。医院位于苏通大桥科技产业园，是一所集医疗、预防、保健、教学、科研为一体的综合性医院，服务人口约35万人。2001年11月11日，医院改为股份制，国有控股51%。2004年12月，兼并张芝山镇卫生院，与张芝山镇社区卫生服务中心合署办公。1995年通过一级甲等中心卫生院评审，2003年通过二级乙等医院评审。2002—2003年度，医院被评为“南通市十佳医院”，2003—2008年，连续被评为“南通市文明单位”，2008年度被评为“江苏省诚信服务单位”。

医院拥有螺旋CT机、彩色B超、全自动生化分析仪、CR系统等大型医疗设备50余件，设有40多个临床和医技科室，其中神经内科为南通市重点临床专科单位，骨科、眼科、普外科、神经内科为通州市医学重点专科。参加国家“十五”“十一五”科技攻关项目，其中，“脑出血规范化外科治疗临床应用”获中华医学科技奖三等奖。医院两次获江苏省新技术引进二等奖，多次获南通市、通州市新技术进步奖。

医院内科能开展治疗静脉溶栓治疗急性心肌梗死、急性脑梗死；微创颅内血肿清除术，治疗高血压脑出血；小脑生物电治疗急性脑梗死；颅脑亚低温治疗各种脑血管疾病；无痛胃镜、肠镜，微波治疗胃肠息肉等；中西医结合治疗急性重症胰腺炎。外科能开展腹腔镜下多脏器切除术、肿瘤根治术，骨盆、全髋置换术，颈椎病、腰椎病椎管减压术，侧前方减压术；前列腺电汽化手术，肾结石手术；各种颅内血肿清除术。妇产科能开展腹腔镜下宫外孕、附件囊肿切除术、子宫肌瘤剔除术、LEEP刀治疗妇科疾病、广泛全子宫切除加清扫术、阴道全子宫切除术等。

该医院于1982年12月以原十总区医院结核病科为基础扩建，1993年2月改称通州市结核病防治院，位于十总镇二窎社区北首，是通州市唯一以肺结核防治为特色的专科医院。1995年2月，与二窎乡卫生院合并。医院设内科、结防科、外科、妇产科、中医科、五官科、手术室等临床科室，以及检验科、放射科、B超室、胃镜室等辅助科室。拥有全自动生化分析仪、500毫安X光机、日本富士CR机、德国西门子彩超、奥林巴期纤维胃镜以及多参数心电监护仪等仪器设备。除作为全市诊治肺结核专业机构外，内科能医治消化、呼吸、泌尿和心血管等系统疾病，外科能开展胆囊、胃、脾切除、乳癌根治以及部分骨科手术，妇产科能开展计划生育手术、剖宫产、宫外孕、子宫及附件肿瘤摘除手术。从2001年开始，每年肺科门诊接诊肺结核疑似患者5000余人次。2005年，医院与南通市经典公司合作，自主研发《基层结核病发现与管理系统》软件并正常使用，2008年8月开始在南通市推广使用。

该医院建于1978年7月，原名南通县精神病防治院，位于金沙镇狮子桥村。1997年5月18日更名为通州市博爱医院。2003年5月增挂通州市非典临床观察医院牌子。2008年11月18日，在通州市区设立通州市心理咨询所。医院主要承担全市精神疾病的防治任务，开展心理咨询与治疗，负责全市重大传染病的隔离、集中收治工作。2000年，住院大楼落成，内设2个病区，核定100张病床。拥有彩色经颅多普勒、彩色B超、脑电地形图仪、全自动生化分析仪、500毫安X线机、心电监护仪等医疗设备。2005年，实施中国农村地区癫痫防治管理项目，苯巴比妥入组患者560例，非苯巴比妥入组患者80例。

该所建于1953年4月，曾称南通县妇幼保健站、南通县妇幼保健所，1993年改称通州市妇幼保健所，位于市区江海明珠广场东南侧。设有群体保健科、妇女保健科、儿童保健科、婚前保健科、生殖保健科、社区医疗综合科、健康教育科及检验、放射、B超、心电图等医技科室。开设围产保健、孕妇营养、妇女心理卫生咨询、妇女更年期保健、乳腺保健、儿童营养、儿童心理卫生、儿童早期教育、儿童保健、儿童智能测定等专科门诊，开展妇女儿童相关特色服务，并为社区居民开展常见病、慢性病诊疗工作，是全市妇女儿童医疗保健服务指导中心。2005年，保健所异地迁建，新址位于通州市开发区银河路东首，建有5800平方米的医疗保健综合大楼。同年，建成江苏省甲等妇幼保健所。2008年6月1日，在南通地区率先建成妇幼保健信息网络管理系统，对全市孕产妇及儿童信息进行计算机管理。2009年6月，有在编职工36人，其中卫技人员35人。1993年—2009年6月，先后添置全自动血球计数仪、全自动生化分析仪、多功能同视机、微波治疗仪、微波理疗仪、乳腺钼钯X光机、远红外乳腺诊断仪、乳腺治疗仪、特种原子吸收微量元素光谱仪、小儿注意力检测仪、黄疸测试仪等先进医疗保健服务设备。