1993年，通州市有医疗机构69个，职工4163人，其中卫生技术人员3328人。随着乡镇合并和区划调整，卫生机构设置布局渐趋合理，基本形成市、片（地区）、乡（镇）、村4级医疗卫生保健服务网络。2009年6月，全市有医疗专业机构54家，其中二级甲等医院1家，二级甲等中医院1家，二级乙等医院3家，一级甲等医院25家；职工3540人，其中专业技术人员3146人，病床3379张。全市企事业单位设有医务室51个，建有村社区卫生服务站309个，共有社区医生1028人;全市医疗机构器械设备总值1.36亿元。

1993年后，每年均以“爱国卫生月”活动及夏秋季爱国卫生运动为载体，组织开展群众性环境卫生整治活动，城乡生活环境明显改善。1995年建成江苏省卫生城市，2003年建成国家卫生城市。2005年，省爱卫会确认通州市为建设健康城市省级试点城市。

1993年—2009年6月，全市共有1300多篇医学论文发表于省级以上学术刊物，241篇论文参加省级学术会议交流，247篇论文参加全国性学术会议交流；42个项目获科技进步奖，其中省科技进步奖4项（二等奖1项、三等奖2项、四等奖1项），南通市科技进步奖18项（二等奖3项、三等奖6项、四等奖9项），通州市科技进步奖20项。优秀新技术引进奖14项（省医学新技术引进二等奖2项，南通市优秀新技术引进奖12项）。