2002年前，档案局对市直机关和乡镇机关档案工作隔年交替检查；2002年起，改为每年进行一次全面检查（当年达标定级单位免检），检查内容也由单一对文书档案管理扩大到对包括文书、专门、科技、声像、实物等所有门类档案的管理情况。检查内容主要看应归档文件材料的齐全完整程度和整理的规范化程度，以及室藏档案管理情况，检查结果作为评选档案工作先进与否的依据。

市内各单位为加强档案管理规范化建设，陆续开展专项达标升级活动。市档案局组织人员深入全市机关、团体、学校、企业事业单位，宣传《档案法》和档案工作政策，引导鼓励各单位开展档案工作达标升级活动。1998年，乡镇财政所会计档案管理率先全面达标。此后，市农行系统、国土系统档案管理也全面达标。1993—2002年，全市共有183个（次）单位档案工作达到南通市三级以上标准，其中国家级4个、省级78个。

2003年，江苏省档案局制定下发《江苏省档案工作等级评定试行办法》，对全省档案工作实行星级认定，设特一级（五星级）、特二级（四星级）、省一级（三星级）、省二级（二星级）、省三级（一星级）5个级别标准。该办法试行后，市财政局率先达到省一级标准。2006年，全市23个镇农经站档案管理全部达到省二级以上标准。至2008年，共有85个单位档案工作达到省二级以上标准，其中市人民法院等5个单位档案工作达到省特一级先进标准。