1993年，市档案局制定《通州市档案馆档案收集范围的规定》，修订《通州市档案馆档案接收系列表》。此后，市档案馆陆续接收市级机关77个单位1988年以前的永久、长期档案，三余、二甲等撤销人民公社档案，乡镇农村二轮土地承包档案、婚姻档案，在机构改革中被撤并市级机关档案，国营平潮万百批发公司等破产企业档案，工业普查、人口普查、公证、审计、清房、家庭成份、户粮等专门档案，共计9.5万余卷。同时，市档案局（馆）还根据《江苏省档案管理条例》有关规定，建立档案资料征集领导小组和征集工作网络，广泛收集和征集地方政策、法规汇编、年鉴、志书、大事记等反映地方特色的出版物。

2003年，市档案馆开展代保管服务，保管市纪律检查委员会寄存的信访档案1403卷（册）。

2007年，市人民政府首次向全社会发出关于征集史料的通告，要求各单位向档案馆报送。同年，市档案馆馆藏《张氏宗谱》入选首批《江苏省珍贵档案名录》。至2008年，市档案馆陆续征集到江泽民总书记为四安镇韬奋小学题写的校名原件，反映撤县建市庆典活动，“江北特委旧址纪念碑”揭碑仪式，李鹏、田纪云、姜春云等党和国家领导人视察通州，金沙镇老城区旧貌等照片400余张。

2007年，市档案馆对馆藏的存在破损、霉变、虫蛀现象的1521卷婚姻登记档案进行去霉、托裱、换装封面处理；同时，对卷宗进行检查，按照业务规范调整卷内文件次序，标识检索项目。

1995年，市财政局、档案局部署市域内经济独立核算单位1966—1970年形成的、已满保管期限的会计档案，及1966年之前形成的、在1987年清理鉴定后留存的会计档案作鉴定销毁。2001年，市财政局、档案局部署对1979年之前形成的会计档案进行鉴定、销毁。

2002年，全市机关、事业单位开始贯彻执行档案行业标准《归档文件整理规则》，整理2001年度应归档的文书文件。2005年起，应归档文书文件统一按年度—保管期限分类，适应计算机管理的要求。其他门类档案整理仍沿用老方法。各单位职能业务部门产生的业务档案均由各自以卷为单位整理。2008年，96家机关、事业单位开始重新编制各自的文件材料归档范围和保管期限表。市档案局成立专门机构，对96家单位报送的文件材料归档范围和保管期限表逐个审查，提出修改意见。与以往相比，此次改革在界定文件材料归档范围和保管期限时，各单位能“以我为主”，体现立档单位的主体地位，避免接受时档案重复进市档案馆。

1998年，市档案馆开始使用计算机著录档案，当年输入干部任免条目4000余条。2003年，市档案局率先使用清华紫光综合档案管理软件系统（后更名为“东方飞扬”）管理馆藏档案。随后，市直机关、团体、企业事业单位及镇机关也全面使用档案管理软件系统管理档案。各单位著录2001—2008年度文书档案归档文件级目录信息，建立目录数据库（达标定级单位均建成室藏文书档案文件级、其他档案案卷级目录数据库），实现计算机检索。国税局等单位实现文档网络一体化管理模式，人民法院等单位建立诉讼档案等专门档案全文数据库。2005年，市档案馆建成通州市档案目录数据中心，至2008年，中心存有49万余条档案目录信息。

2000年，市档案局在互联网设置通州市档案局（馆）主页，2002年与南通档案信息网链接。2004年，对档案信息网进行调整和充实，建成网上爱国主义教育基地。2007年7月，“中国·通州”网档案局子网和通州党政信息网档案局子网开通。