南通县档案资料馆建于1959年3月。1981年6月，成立县档案局，与档案馆合署办公。1993年2月，改称通州市档案局（档案馆）。根据档案法律法规的规定，市档案馆负责收集和管理本级机关、政党、社会团体和其他组织及其所属机构形成的档案，以及各历史时期的档案和有关资料。1994年9月，经江苏省和南通市档案主管部门认定，市档案馆通过省三级档案馆复查验收。截至2008年末，馆藏档案193个全宗，12.5万卷（件），资料1.24万册（本）。分为文书档案、会计档案、公证档案、名特优产品档案、死亡干部档案等门类。馆内有库房1000平方米，铁皮档案橱箱427套，木质架20张；配有电脑、空调、去湿机、灭火器、复印机、电视机等设施，基本满足保管要求。馆内还存有反映全市重大活动的珍贵照片1016张。2009年4月，为纪念档案馆建馆50周年，编制《档案与你同行》电子画册。

2003年5月，市档案馆成立通州市现行文件资料服务中心，9月向社会开放。2008年，更名为通州市政府信息查阅中心。该中心是通州市主动公开政务信息的法定场所，根据《中华人民共和国政府信息公开条例》的规定，接收、管理市级机关单位2003年后生成的主动公开的政府信息，为社会公众提供政府信息查阅服务。2007年，中心取消了服务性收费。2008年，在“中国·通州”网首页开设“现行文件查询”专栏，市民登录后可以查阅政府主动公开的信息。至2008年，中心有专门库房40平方米，铁质橱10张，展览柜4张；存有文件资料5863件（册）。

南通县城乡建设档案馆建于1984年8月，1999年3月增挂通州市城乡建设档案管理处牌子，负责对全市建设工程档案工作进行监督和指导，按规定集中保管全市的建设工程档案。至2008年，有馆藏档案6.65万卷（盒、张），其中工程档案5.29万卷（盒），照（底）片4006张，声像388盘，光（磁）盘10张，底图975份，图书、报刊8233册（份）；有库房800平方米，密集架126立方米，档案橱105套；配置电脑5台、摄像机2台、光盘刻录机1台，空调、抽湿机、电视机、录音（录像）机、复印机等设备齐全。市城乡建设档案馆先后被评为省市先进单位、文明单位，2004年获“江苏省特级城建档案馆”称号。

1993年起，市档案局开始对机关、企事业单位和乡镇档案室工作进行目标管理考核，促进档案工作的开展。

1997年，市档案局在余西乡路东村开展行政村建档试点工作，此后档案局、民政局不断推进村级档案规范化管理。2007年，村级“六有”（有专门人员、有规章制度、有分类方案、有较高质量、有完备目录、有安全保障）合格档案室创建活动在全市展开。至2008年，全市有148家行政村档案室创建达标，占行政村总数的71.5%。

2004年，市档案局、民政局下发《关于加强社区建档工作意见》。当年，金沙镇金南、安康两个社区试点建立档案。2005年，社区建档工作全面铺开。年末，52个社区建立档案室，藏有各类档案1万余卷（件、册），资料1.5万卷（册），达到各类档案整理规范，存放安全有序，利用方便的目标。至2008年，又有11个社区建立档案室。

2006年1月26日，《江苏省非国有档案管理办法》施行。市档案局积极配合市教育局抓学校档案工作。至2008年，全市中心小学以上学校普遍开展档案工作，并有22家学校档案管理分别达到南通市级和省级先进标准。

至2008年末，市委、市政府所属工作部门和市直属单位共设立85个档案室，库房面积4200余平方米；档案橱（箱）800余套（张），密集架1050余立方米。用于档案管理的计算机98台，软件76套，复印机85台。藏有各类档案50余万卷（件），资料2.8万余册。有4家单位档案管理达到国家级标准。财政、土管、农行3个系统的所属单位档案工作分别达到省、市级标准。

经过几次行政区划调整，至2008年，全市镇机关共设19个档案室（被并乡镇的档案按规定移交给新建镇管理），其中9家达标定级；共有档案库房4000余平方米，档案橱（箱）980余套（张）；室藏档案9万余卷（件），资料2.5万余册（本）。