1993年，市政府与档案局签订档案工作目标管理责任状，档案馆、室业务管理步入标准化轨道。1996年，修改后的《中华人民共和国档案法》颁布施行。随后，《中华人民共和国档案法实施办法》《江苏省档案管理条例》也相继出台，档案工作由此有法可依。2003年，全市机关单位开始使用综合档案管理软件系统管理档案。至此，宏观档案管理迈上法治化、信息化、标准化建设新台阶。

随着经济社会事业的发展，全市档案事业管理已覆盖到机关、团体、村（居）委会和各类非公有制组织等多元主体，档案门类、数量不断增加。至2008年，全市藏有文书、科技等各类档案150万卷（盒），资料55万卷（册）。档案馆、室大都配置密集架、空调、电脑、去湿机、防磁柜等设备，对档案的收集、移交、整理、鉴定、保管、利用以及人员、设备等情况都进行统计上报。

1993—2008年，市档案馆4次大规模依法接收档案6.5万卷，征集到大量的珍贵资料，馆藏结构日趋合理。2001年起，全市机关事业单位以“件”为单位整理归档文书文件，为借助网络平台共享档案资源创造条件。2003年，通州市现行文件资料服务中心成立。2005年，通州市档案目录数据中心建成。2007年，市档案局成功举办“依法管理档案事业、服务和谐通州建设”大型图片展览。2008年，在通州档案信息网上发布19万条开放和专门档案目录信息，供社会共享。至2009年6月，全市档案机构共接待查档人员12万余人次，调阅档案资料19万余卷（次），编纂1300多种参考资料为社会服务。

1999年，市档案局（馆）被评为全省档案系统先进集体。