1993年，市广电局辖通州人民广播电台、通州电视台和通州有线电视台（筹）3家事业单位，局机关设综合科、财务科和广播电视服务部（公司）。

1994年12月起，广电系统进行3轮聘任聘用和内设机构调整工作，至1996年末，市广电局设办公室、宣传科、事业音像科、财务科及广播电视实业发展有限公司。通州人民广播电台设新闻部、经济信息部、播音文艺部和技术播出部。通州电视台设总编室、新闻部、经济信息部和播出部。通州有线电视台（筹）设管理部、技术播出部和工程1～6部。

1999年，市广电局实施“三台合一、局台合一”新体制，原通州人民广播电台、通州电视台、通州有线电视台（筹）合并为通州市广播电视台，与市广播电视局实行两块牌子，一套班子管理模式。

2001年初，市广播电视局由原来的市政府工作部门改为市政府直属正科级事业单位，由市政府授权履行对全市广播电视宣传和广播电视事业的行政管理职能。

2002年下半年，局（台）内设机构调整为“一室（总编室）三中心（新闻中心、制播中心、广告中心）”，将原来广播新闻、电视新闻采编人员进行合并，记者摄像合二为一。制播中心将广播电视播音员、主持人合二为一。改革后，行政职能岗位比原来减少8个，局（台）领导全部兼负业务职能。

2006年11月，通州市新闻信息传播中心与市广播电视局合并。

2009年1月，局（台）部门设置为两室三科一队和七中心一公司，即办公室（含监察室）、总编室（含研究室），事业科、财务科、资产管理科，稽查大队，报网中心、广播中心、电视中心、技术中心、播出中心、网络中心、广告中心，广播电视实业总公司。

1992年末，南通县有乡镇场广播电视站19个、广播站31个，县属大集体性质的职工134人。1994年，全市50个乡镇场的广播（放大）站全部改为广播电视站。

1998年—2000年下半年，对乡镇广播电视站正、副站长实行聘任，站内一般工作人员实行聘用制度。

2005年3月，各镇事业单位改革，广播电视站人员由广电局和镇政府双重管理变为隶属镇政府管理，镇广电站与镇文化站、计划生育服务站、党校合并建立镇社会事业服务中心。

2008年4月，镇广播电视站调整为市广电局垂直管理的全民事业单位，股级建制，经费实行财政定额定项补助，财政统一监管。实行垂直管理后，全市按建制镇设19个镇广电站，在编在职人员110人。其中，编制4人以下的镇广电站设站长1名，5人及以上设站长、副站长各1名。站长人选在征求所在镇党委意见的基础上，由市广电局实行聘任制。