1990年，县教育督导室成立，在随后的5年多时间里，重点开展中小学督导评估试点和以“两基”为重点的督政试点工作。1995年，市教育督导室由股级建制调整为正科级事业单位，人员编制由建室时暂编1人调整为3人，聘任专兼职督学、特约教育督导员15人。

“九五”期间的督导工作，坚持督政与督学相结合，着力做好“两基”年审和教育先进乡镇的评选工作，并配合市教育局推进乡镇教育现代化创建工作，紧密围绕素质教育这一中心，以评选省、市、县三级模范学校为契机，开展中小学教育督导评估工作。

进入21世纪，市教育督导室推行“兼职督学分片督导制度”，组建通中、通东、通西、通南、通北和市管学校、局直属学校（园）等7个督导责任区，进一步明确兼职督学的督导责任范围，加强对学校的宏观监督和管理，指导全市义务教育学校制订新一轮3年发展规划，修订全市中小学综合督导评估方案，并付诸实施。督导室先后综合督导评估93所中小学校、幼儿园，并就教育的热点、难点问题有机进行专项督导调研。建立督学联系学校制度，随访督导工作得以有效开展。2005年9月，市政府教育督导室调整为市政府直属正科级事业机构，依照国家公务员制度管理，内设综合科、督导科，人员编制由3人调整为5人。2006年，在全市范围聘任一批督学、助理督学。至2009年6月，有专兼职督学、特约教育督导员30人，助理督学20人。

1993年—2009年6月，市教育督导室编辑出版了《实践与探索》《耕耘与收获》《百舸争流·通州市模范学校风采录》《树人新曲·通州市第四届市、县（市）模范学校撷英》《春华秋实·通州市第五届模范学校办学启思录》等书籍和督导文集。督导人员先后在省级以上刊物发表专业论文40余篇，其中《素质教育督导评估操作谈》获国家级论文评比三等奖，《县（市）教育督导机构模式探讨》获省级评比一等奖，《坚持督学与督政有机结合》获省二等奖。教育督导理论研究成果在南通市一直居领先地位。1997年3月，市政府教育督导室被省教委授予“先进教育督导室”称号。2001年12月，被省教育厅评为江苏省教育督导工作先进集体。