1993年，市教育局制定教学“六认真”检查评比标准，坚持每年评比表彰教学“六认真”先进个人。2004年，市教育局出台《通州市教育教学常规》，对教师的备课、上课、课外辅导、考试、作业、教育科研等作出详细规定。

1998年起，市教育局与各学校开始同时使用计算机管理学籍，凡学生转学、休学均需通过计算机进行处理，纸质材料供存档使用。各学校严禁瞒报、漏报学生，严禁私自接收学生，每年的综合考评均以市教育局计算机中的学生数为准。

2004年，市委、市政府出台《通州市加强和改进未成年人思想道德建设实施意见》。9月，市教育局召开未成年人思想道德建设工作会议，颁布《通州市教育系统关于加强和改进未成年人思想道德建设的实施意见》和《通州市中小学未成年人思想道德建设工作考核评估办法（试行）》。年底，召开学校德育工作会议暨优秀班主任表彰大会，表彰一批优秀班主任和先进德育工作者。扎实开展“弘扬和培育民族精神月”系列活动。加强心理健康教育，每年均选派部分心理健康教师参加省和南通市的专项培训。

2006年，市教育局出台《有效教学》管理意见，2008年、2009年又相继出台两个补充文件，形成通州市教育管理较为完备的制度。