1993年，教研室有专职教研员18人，分别负责中学语文、数学、英语、物理、化学、生物、政治、历史、地理9门学科和小学语文、数学、自然、思想品德、幼儿教育、美术、体育7门学科的教学研究。2000年以后，随着中小学学科开设的不断增加，教研室又逐步配备初中语文、初中数学、初中英语、中学计算机、小学英语、中小学音乐学科教研员，至2009年6月，有专职教研员23人。

教研室接受教育局直接领导，由一名副局长专门负责管理。同时，教研室对全市中小学幼儿园的教育、教学、管理履行研究、指导、服务职能。各科教研员直接负责对各校各学科教研组、各教师的教学进行指导，推动各校的教学研究活动开展，负责组织全市各种形式的教学改革、比赛、研究活动。

1996—2001年，市教研室组织、指导全市中小学开展“目标教学实验”课题研究，确定赵甸初中、金北初中、石港小学等10所学校为实验学校。2001年，目标教学实验课题获江苏省课题研究成果一等奖。

2000年起，教研室负责指导全市新课程改革的实验。至2003年，市教研室分学段、分学科对全市所有1万多名教师组织一轮新课程培训，并进行考试，95%教师合格。

2003年—2009年6月，配合全市教学改革，市教研室先后开展“狠抓质量年”“有效教学年”“高效课堂年”等活动，按照“组织讨论，澄清认识—骨干示范，引领上课—全员参与，全面提高”的程序，共组织研讨会28次，上示范课115堂，各级各类比赛50多次。

教艺展示  2000年起，通州市启动中小学“江海之光”大型教研活动。教坛新秀在活动中登台亮相，展示教艺，教研室负责当场评点和指导。

2001年起，市教研室举办中小学“校长杯”优课评比活动。优课评比分初赛、决赛两个阶段，全市100名中心初中、中心小学校长参加初赛。决赛采取统一课题、借班上课的方式进行，全市乡镇中心学校校长和部分教师观看比赛。

2005年起，教研室开展“希望的田野”新的大型教研活动，组织市、县学科带头人、骨干教师开展送教下乡活动，听课教师达5000多人。

优课评比  从1993年起，每学年的第一学期教研室组织各学科开展优课评比活动，并逐渐成为“品牌”。经过层层选拔，不断改进，至2009年6月，全市有26人次获全国、江苏省级一等奖，182人次获南通市一等奖。

教学研讨  2003年起，教研室利用暑假组织初三、高三的各学科教师进行学科培训，把握教学动态，探讨复习策略。每学年的第二学期，组织召开“中高考复习研讨会”，初三、高三全体教师参加，各学科开设复习研讨课3～7节，经验交流3～5人次，教研员做中高考情况分析及复习建议讲座1堂。

学生竞赛  1993年起，教研室组织、指导全国性和省级初高中数学、物理、化学、生物、中小学计算机奥林匹克竞赛活动，每年约有1万人次参加预赛。至2009年6月，获得省一等奖25人次，二等奖98人次。

1997年起，组织指导学生参加省“金钥匙”科技竞赛和省、南通市航模比赛。其中获省团体一等奖8次，省个人特等奖12人次。

1998年起，组织学生参加省“中学生与社会”作文大赛。获一等奖9人次，二等奖45人次。获奖作文分别入编《江苏省中学生作文竞赛高中获奖作文选》《江苏省中学生作文竞赛初中获奖作文选》。

2001年起，组织学生参加中学生英语口语电视比赛、中小学生硬笔（软笔）书法展示赛、中小学生声乐器乐舞蹈比赛。每年约有1万人次参赛。其中获省一等奖60人次，二等奖180人次。

1993年后，由教研室牵头组织申报的全国、省、南通市级科研项目逐步规模化、网络化、成果化。以“课题博客”为平台的动态管理模式日趋成熟，实现对所有立项课题研究过程的全程监控和网上交流，提高课题的结题率。2005年，全市有35项省、南通市级课题和56项县级课题顺利通过结题认定，有3项成果在省获奖、58项成果在南通市获奖，其中教研室承担的“目标教学”课题获江苏省一等奖。

教研室每学期期末对各中小学校进行教学质量检测，每年10月召开全市教学质量分析会，通报全市中小学教学质量变化情况，发挥教学质量监测结果的杠杆作用。设立奖教奖学基金，对在课堂教学、教研科研工作中取得突出成绩的校长、教师、教研员和学生进行表彰奖励，同时将其作为学校教学质量目标管理的一项重要指标存档备案。2000年开始，教研室开展教学评价探索，在全市探索推行新课程教学反思和进行新课程教学案例的收集和诊断。实施“学业水平测试”和“成长记录袋”评价办法，由教研室统一制订中小学和幼儿园各学科“六认真”（认真备课、认真上课、认真布置和批改作业、认真辅导、认真组织考核、认真组织课外活动）教学常规制度，指导教师开展教学，逐步建立起适应新课程需要的、促进学生与教师发展的教育教学质量评价体系。