1993年，各校初步建立教育科研室、组。1997年以后，市教育科研实行一把手负责制，专门指定一名副局长分管教育科研，市教科室具体负责全市教育科研的组织与管理；各市管、局直属学校及各中心初中、中心小学和各中心幼儿园，均设立教科室，并配备专职（或兼职）分管教育科研的教科室主任；各片教育督导组也重点明确有关教育科研的职责和分工。全市整体上形成市—片—学校（幼儿园）三级教育科研组织和管理网络。

自实施“八五”计划起，全市正式启动教育科研项目研究，先后共承担省级规划课题66项，南通市级规划课题138项，市规划课题674项，参与国家级研究课题9项。尤其是“十五”和“十一五”期间，全市所承担的省、南通市级规划课题数在南通地区名列首位，其中所承担的省级规划课题数超过省内一般地级市。

1993年后，全市的教育科研成果（指在南通市级及以上发表或获奖的教育教学论文）呈逐年上升趋势，2005年起，每年均在2000项以上，多项课题研究成果获国家、省和南通市奖励。其中影响较大的教育科研课题成果主要有：

创业教育的理论与实验研究  由市教科室于“八五”期间重点参与的国家级教育科研项目，所形成的研究专著《创业教育的目标、课程与评价》一书获省优秀教育科研成果二等奖，南通市政府第二届社会科学成果二等奖，并被国家教委信息中心收录入《教育科研成果大典》，评价为“填补了创业教育教师用书的空白”。

小学青年教师培训研究  1999年由国家教育部师范教育司下达给全国中小学教师继续教育实验区，由通州市具体负责承担实验，2003年通过鉴定，并被国家教育部评为全国中小学教师继续教育实验区优秀教育科研成果二等奖。

自控式学习的引导及其内化研究  是通州高级中学承担的省及南通市教育科学“九五”规划课题。该课题先后有30多篇较高质量的研究论文在全国各大高校教育研究刊物发表，并有多篇被人大复印资料转摘，最终获南通市第六次和省第二届教育科学优秀成果一等奖。

中小学后勤管理操作研究  是市教育局和市教科室共同承担的南通市教育科学“九五”规划课题。其成果专辑《中小学后勤管理操作论》先后被许多地方列入中小学后勤管理培训教材，受到培训单位及培训者的好评。

中小学教师可持续发展研究  是市教科室承担的省教育科学“十五”规划重点课题。该课题成果在鉴定中被高校专家称之为“填补了国内同类研究的空白”，并获省第二届教育科学优秀成果一等奖、南通市和省哲学社会科学优秀成果二、三等奖。

2001年，通州市率先在全省提出教育科研“两个指向”的思想，即指向于学校教育教学质量的提高，指向于广大教师素质的发展，教育科研机制不断创新，逐步形成自己的品牌与特色。

名师之路  通州市“名师之路”教育科研协会创办于2001年7月，其宗旨为坚持教育科研为教育改革与发展服务、为提高教师素质服务，努力培养和造就更多的通州名优型教师，并发挥协会组织的辐射、带动作用，促进全市教育教学质量和教育科研水平不断跃上新台阶。协会自成立以来，成效显著。《江苏教育研究》2005年第3期曾以“通州现象”为主题，用近三分之二的篇幅对该协会进行推介。

课堂诊断  “课堂诊断”是通州市自2007年下半年起在全市倡导和推广的一项重要的校本教育科研范式，并逐步构建起具有鲜明地方特色的实践理论及操作体系，涌现出一大批优秀研究成果。江苏教育出版社于2009年1月出版市教科室编辑的《课堂诊断80例》一书；《江苏教育研究》（专题版）同年第5期以“‘课堂诊断’通州范式”为栏目标题，将其作为课堂教学研究的重要典型向全省推广。

校本培训  通州市教育科研校本培训一直走在南通市及全省前列，培训主要采用学校自主培训和市教科室支持性培训相结合的方式进行。市教科室支持性培训主要有提供培训菜单和量身定制培训内容两种形式，关注课题研究的专项指导、教育科研的通识培训指导、教师其他专业素养方面的培训指导。