1993年，市财政教育经费拨入4818.6万元，占全市预算内总收入的18.6%。2008年，市财政教育经费拨入5.6亿元，占全市地方一般预算收入的33.9%。1993—2008年，全市财政教育经费拨入总计35.82亿元，财政教育拨款在全市教育事业发展中发挥主导作用。

1985年开始征收教育事业费附加，征收标准为：由乡镇、村企业或合作经济组织负担的，征收率确定为当地农民人均社会收入的1.5%～2%；由农民个人直接负担的，征收率不低于人均纯收入的1%；人均纯收入低于300元的农户免征。企业按销售收入的0.4%征收。1993—2008年，全市征收教育事业费附加5.53亿元（含城市教育费附加、地方教育费附加、人民教育基金）。

1995年，实行分税制财政体制改革后，乡镇财政对教育的投入继续做到“三增长一优先”（财政拨款逐年增长，逐步增加市财政预算内支出中教育经费支出所占的比例，生均教育费逐年增长；教育基建指标优先）。全市加大教育经费管理力度，制订完善乡镇教育事业费包干办法，实行农村教育经费的“镇征、市管、镇用”管理体制，制止和杜绝乱收费行为，纪检、监察、物价等部门加大对教育乱收费案件的查处力度。每年组织人大、政协及有关职能部门成立督查组，到各乡镇检查教育费附加使用情况。

2000年以前，全市勤工俭学活动以校办工厂为主，校办商店、校办渔、鸡场为辅，并开展小种植、小饲养等“十小”活动。校办工厂数最多时达430家，其中规模以上企业22家。产品涉及毛纺织业、服装制造业、印刷业、有机化学产品制造业、橡胶制造业、塑料制造业、金属制品业及船舶制造业等20多个大类、几百个品种，年产值超3亿元，连续5年完成各项经济指标列南通市之首。2000年—2009年6月，由于减免税政策的取消，以及企业改制和企业管理体制的转换，95%以上原校办企业脱离学校改为属地管理。

全市教育经费支出包括人员经费支出和公用经费支出。1993年教育经费总支出4703.6万元，1997年为1.8亿元，2000年为3.3亿元，2004年为4.82亿元，2008年为8.16亿元。

人员经费支出包括工资、补助工资、职工福利费、社会保障费（含离退休人员）、人民助学金等。人员经费支出中1993年为3963.5万元，1997年为1.23亿元，2000年为2.12亿元，2004年为3.69亿元，2008年为5.22亿元，分别占当年教育经费总支出的84.3%、68.5%、64.1%、76.6%和63.9%。

公用经费支出包括公务费、设备购置费、修缮费、业务费及基建维修费用等。公用经费支出中1993年为740.1万元，1997年为5663.6万元，2000年为1.18亿元，2004年为1.13亿元，2008年为2.95亿元，分别占当年教育经费总支出的15.7%、31.5%、35.9%、23.4%和36.1%。

在教育经费支出中，1993年，生均教育经费317.34元，生均公用经费49.93元；1997年，生均教育经费1257.39元，生均公用经费319元；2000年生均教育经费1877.93元，生均公用经费636.73元；2004年，生均教育经费3182元，生均公用经费679.16元；2008年生均教育经费6237.86元，生均公用经费2251.99元。教育经费虽然有大幅度增加，但用于改善办学条件，增添教学设备方面的资金较少，生均教育经费偏低，生均公用经费仍然比较紧张。