1993年，通州市有普通高中20所（含区属完中和市属完中），教学班级181个，在校生8839人，专任教师664人，专任教师学历达标率57.98%，初中毕业生升学率48.9%。

1998年开始，全市调整普通高中布局，改善办学条件，提高办学质量。规模较小、办学条件相对较差的9所区属普通高中全部停招高一新生，经过3年自然过渡，改办为中心初中。2002年12月，通州市教师进修学校增挂“通州艺术中学”校牌。2006年7月，通州市教师进修学校、通州艺术中学撤销，原通州艺术中学的师生均并到金沙中学。2006年二窎中学高中部停招新生，2007年通海中学高中部停招新生，两校经过3年自然过渡，改为完中建制的初中。2004年，原国家级示范普通高中江苏省通州高级中学、江苏省西亭高级中学、江苏省平潮高级中学经省教育厅评估验收顺利转评为省四星级普通高中。2005—2009年，原南通市重点中学刘桥中学、石港中学、三余中学、二甲中学、姜灶中学、兴仁中学、金沙中学先后成功转评为省三星级普通高中。至2009年6月，通州市有定点普通高中10所，教学班级370个，在校生人数2.12万人（含二窎中学高三年级4个班179名学生，通海中学高二、高三年级9个班541名学生），专任教师1371人，专任教师学历达标率96.43%，初中毕业生升学率99.96%。

从2005年秋季入学的高一新生开始，通州市普通高中进入新一轮课程改革。市教育局首先抓好学校领导的课改培训，贯彻新课改理念，及时转变学校领导的思想观念；其次抓教师培训，所有的高一任课教师必须先培训后上岗，不培训不上岗；再有是2006年、2007年、2008年分别在通州高级中学、西亭高级中学、平潮高级中学召开3次通州市普通高中新课改现场推进会，推动新课改的顺利实施。

2008年3月，通州市被省教育厅授予“基本普及高中阶段教育先进县（市）”称号。