1993年，通州市有初中99所（不含20所完中附设初中部），教学班级905个，在校学生4.35万人，专任教师2382人，专任教师学历达标率71.12%，小学毕业生升学率95.2%，初中年巩固率97.7%，平均每班学生48.03人。随着普及九年义务教育的深入和人口的减少，通州市从1993年起对初中布局进行调整，撤并薄弱初中和一般初中，整合完中初中部和中心初中资源。至2009年6月，通州市有初中35所，教学班级503个，在校学生2.84万人，专任教师2471人，专任教师学历达标率97.81%；另外，12所完中附设初中部有教学班级253个，在校初中生1.44万人。小学毕业生升学率103.45%（含外来务工农民工子女在通州市接受义务教育），初中年巩固率100%，毕业年级学生毕业率99.97%，平均每班学生56.64人。

1994年，通州市先后通过南通市和江苏省普及九年制义务教育的考核验收。是年，全市初中招生1.55万人，比1993年增招1280人，在校学生数达到4.57万人，小学毕业生升学率达到96.3%。

1999—2006年，通州市开展创建省示范初中活动，推动学校办学条件的改善和办学质量的提升。2007年开始，省教育厅停止省示范初中评选活动，至此，全市有省示范初中13所，分别是：金郊初中、西亭初中、海晏中学、十总中学、四安中学、骑岸初中、兴东初中、新坝初中、赵甸初中、新联中学、川港中学、平东初中和平潮初中。

1999年起，市教育局根据省教委素质教育10条基本要求，加大对非考试科目教学工作的检查，促进学校开齐开足各类课程，有效控制学生在校活动总量；加大义务教育阶段控辍和减轻中小学生过重课业负担工作力度，控辍工作在2004年、2006年和2007年分别接受省教育厅专项检查，得到省检查组肯定。1999年，赵甸初中的素质教育经验被《江苏教育报》头版头条报道，并配发评论员文章《贵在实》；2000年，平潮中学、石港中学、刘桥中学、李港初中等学校的素质教育经验分别被《江苏教育报》《中国教育报》等多家媒体介绍、推广。2002年3月，市教育局出台《通州市初中素质教育综合考评方案（试行）》，2004年结合新课程改革的要求对其进行修订。市教育局每年均按考评方案对各初中进行考核，并对素质教育考评前十名和与上年相比进步前十名的初中学校进行表彰奖励。

2004年秋，通州市初中一年级进入新一轮课程改革。全市以完中初中部、省示范初中为骨干，建立初中新课改辐射区，将完中、省示范初中与其周边的一般初中和农村初中实行捆绑式考核，做到课改资料一同分享，课改示范课一同演示，课改进度一同安排，课改情况一同考核。2005—2007年，市教育局分别在通州高级中学初中部、金郊初中和四安中学召开3次素质教育暨新课程改革现场会，初中新课程改革工作得以顺利推进。