1993年9月，通州市共有中心幼儿园59所（不含村办园和村办幼儿班，村办园和村办幼儿班不属成型幼儿园，受所在乡镇中心幼儿园管理），1024个班级，在园幼儿数4.71万人，教职工1501人，专任幼儿教师学历达标率57.34%。为解决城区幼儿入园难问题，1994年8月，市政府投资建设的公办幼儿园通州幼儿园建成并开始招生。至此，除实验幼儿园和通州幼儿园两所公办幼儿园由市教育局直接管理外，其余幼儿园均由当地乡镇政府进行建设和管理，市教育局负责保教保育业务方面的指导。2000年9月，通州幼儿园划归市妇联管理，仍为公办幼儿园；2005年8月，通州幼儿园重新回归市教育局管理。2002年1月，实验幼儿园与实验小学合并，更名为通州市实验小学附属幼儿园，2007年8月又与实验小学分开，重新更名为通州市实验幼儿园。

20世纪90年代末和21世纪初，随着幼儿数量的减少，全市逐步撤并大部分村办园，乡镇政府对中心园和成型园的硬件建设加大投入，办学条件得到进一步改善。2001年，27所乡镇幼儿园进行办学体制改革，吸收部分社会资金入股，改制成股份制的民办幼儿园。到2009年6月底，全市共有成型园54所，教学班级508个，在园幼儿数2.12万人，教职工1573人，专任幼儿教师学历达标率99.36%，幼儿入园率91.31%。