整合教育资源  1993年9月，通州市共有小学409所、初中99所、高中20所，学校布局分散，办学条件参差不齐，不利于规模办学和提高教学效益。市教育局结合人口变化和提高“普及九年义务教育”标准的要求，逐步对学校布局进行调整，整合教育资源。调整的主要方式是撤并办学条件比较简陋、教学质量不高的村小和一般初中，保留中心小学和中心初中，到2009年6月，全市保留小学58所（含10所村小）、中心初中35所。普通高中布局调整开始于1998年，当年9所区属完中停止高中招生，逐步过渡到纯初中。2006年和2007年暑期，二窎中学、通海中学分别停招高一新生，学校经过三年的自然过渡，改为完中建制的纯初中。到2009年6月，通州市保留定点普通高中10所。

实施素质教育  2000年7月，通州市委、市政府召开全市教育工作会议，出台《关于深化教育改革全面推进素质教育的意见》，全面推进素质教育。为有效推进素质教育，市教育局于2002年分别制定《通州市小学素质教育综合考评实施办法》《通州市初中素质教育综合考评实施办法》《通州市高中考核方案》。这3个文件在2004年结合新一轮课程改革（即全国第七次课程改革，下同）要求进行修订，增加新课程改革的考核内容。从2002年起至2008年，市教育局每年年底都按3个文件的要求分小学、初中、高中3个学段进行考核。2008年，市教育局转发南通市教育局制定的《关于全面推进素质教育的十项要求》，对学校深化素质教育提出更为明确的要求。

推动课程改革  从2003年9月入学的小学一年级新生起，通州市根据上级教育行政部门的安排进入新一轮课程改革。2004年9月、2005年9月起，初一新生和普通高中高一新生陆续进入新课程改革。市教育局为了推进新课改，以省实验小学、省示范初中、完中为龙头，将一般小学、初中与龙头学校捆绑，由龙头学校带动一般学校共同实施新课改，做到课改计划一同设计、课改教案一同研制、课改交流课一同参与、课改推进情况一同考核。2006年起，市教育局每年均分学段举办一至两次素质教育暨新课改现场会。至2009年6月，通州市顺利完成新一轮新课程改革。