1993年，根据国务院《社会力量办学条例》《中华人民共和国民办教育促进法》及其实施条例，全市加大对民办教育事业的扶持引导力度。西亭中学实行“两权分离”的办学模式，开通州教育体制改革的先河，被省教委称为“西亭模式”。是年，全国政协委员方铿在其家乡小海镇创办通州市小海中学，1994年8月建成招收初中学生，1997年开始招收高一新生，并升格为市属完中，2001年行政区划调整，小海中学划归南通市。2001年，通州市委、市政府出台《关于深化教育体制改革的意见》，全面推进教育办学体制改革。2001—2003年，二甲中学、三余中学、平潮中学相继进行股份制改革，按照民办机制运行。至2004年末，全市共建有改制完中4所，民办初中7所，民办小学12所；全市共审批民办幼儿园43所，领取《社会力量办学许可证》的民办教育培训机构共14家。

2005年，按照省教育厅关于民办学校“四独立”（独立法人、独立的校园和校舍、独立实行经费核算和人事管理、独立进行教育教学）要求，市教育局对西亭中学、三余中学、二甲中学、平潮中学4所改制学校进行规范与整顿，并在2007年全部通过省教育厅组织的专家验收。

2006年，在对民办教育事业扶持引导基础上，进一步规范民办学校办学行为。全市共审批民办小学12所，班级198个，在校学生总数9762人，教室236个，专兼任教师487人。经南通市教育局审批，全市共有民办中学7所，班级128个，在校学生总数7565名。2006年7月起，除金田小学、东源小学之外的10所民办小学暂停招收一年级新生。2008年9月，金田小学、东源小学也停止招收新生。至2009年6月，全市保留平潮中学、西亭中学、二甲中学、三余中学、育才中学等5所改制学校，其余均回归公办体制。